2020年4月，中共中央、国务院发布《关于构建更加完善的要素市场化配置体制机制的意见》，数据被纳入主要生产要素范畴。目前，医疗机构及相关部门对于“如何拿出数据、拿出哪些数据、数据如何使用”，以及“出了问题谁来担责、惩罚机制如何”等诸多问题都心存顾虑。
启迪数字医疗总经理林子云告诉中国经济时报记者，90%的健康医疗数据来源于医疗机构，而医疗机构信息化系统发展较早、标准形成较晚，导致医疗机构数据格式繁杂。仅仅HIS系统，国内就有2000多家医疗信息化公司，各自数据格式都有不同。这导致数据难以融合，也就难以支撑数据的应用。
中国经济时报记者在采访中了解到，在传统需要将数据做统一融合的应用当中（比如，医保局审核医保报销，需要获取报销相关的数据；卫健委做三医监管，需要医疗项目的相关数据；疾控中心需要对某些传染性疾病发生的数据），为了解决数据融合问题，一般采用数据需求方（政府相关部门）制定需要的数据格式，由医疗机构信息化公司通过数据接口集成数据（也有信息化差，通过填报方式）的方式上报相关部门。
然而，上述方式都是基于应用需求来要数据的，数据并不全面，同时，时效性一般都较差；而且每个需求方接口不一样，相互之间未来也存在打通问题，并且数据的质量受制于医疗机构的信息化能力和医疗机构上传数据的意愿。而接口开太多（很多应用也需要开接口）会造成医疗机构信息化系统本身的性能下降，也是一种社会投入的浪费。
“对于‘互联网+医疗健康’的发展来讲，统一的‘健康医疗大数据标准’实际上解决了统一数据格式的问题，这使应用的开发有了统一的数据基础，不致于每一次都需要数据的转换，既增加成本又造成效率和资源的浪费。只要按照这个标准开发的服务和应用，就可以快速与数据对接，形成应用；而应用产生的数据本身也使用‘标准’，这使得应用之间、数据之间、机构之间、平台之间有了可以交互、统一的基础。”林子云说。
健康医疗大数据虽然应用价值高，但是国内医疗数据仍然是一座座孤岛。目前，数据在跨行业、跨机构、跨部门的采集、交换、共享、使用均存在标准障碍、政策壁垒，国内在健康医疗大数据尚无标准可依，还未建成真正意义上的健康医疗大数据库。
2018年以来，四川省成都市武侯区率先在全国开展《健康医疗大数据标准体系及应用示范区试点》。中国经济时报记者了解到，武侯模式实际上是将数据的治理规范化，放在政府的数据平台上，医疗机构不需要开数据接口。通过数据平台上的数据治理技术，可以将区域内全部医疗机构的医疗数据“实时全量”的采集和治理，并成为一个标准的数据格式，进一步支撑数据的应用。
数据的“实时全量”确保了数据的真实性和全面性，可以支撑未来应用对数据的需求。例如，医保部门在对一些骗保医疗行为的监督上，一个病人不仅要有从挂号到治疗过程的全部数据，而且吃药、使用高值耗材需要有对应商品的出入库记录，检查检验要有对应的报告。更为重要的是，所有产生这些行为的时间也必须合理，这极大增加了作假难度。区域内全部医疗机构的数据获取和治理，建立个人健康档案，可以针对趋势性的病患提出警示。
个人医疗健康信息的安全至关重要。数据采集、治理、应用，必须要在法律范畴内实施。林子云认为，建立健康医疗大数据平台，以一个平台来支撑数据的安全应用，可能更能够实现数据的个人隐私保护。他建议，应该对个人隐私数据做清晰的定义，制定加密规则和分级授权的规则，应用中对数据的合法存储、流通做管控，尽量通过大平台来实现数据使用的控制，确保数据“可用不可见、可见不可取”。同时，在一些需要数据做应用开发的场景中，也可以考虑使用仿真数据而非真实数据，以确保数据的安全。