如何分析KEGGCOMPOUND数据库

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kegg compound 数据库存储了在生命活动中发挥作用的各种小分子,生物大分子和其他类型的化学物质,采用C number 进行标识,比如C00047,  代表L-赖氨酸。除了名称等信息外,还存储了该物质的化学结构和其他相关信息;

对于所有compound 的分类详见 Brite 数据库

如何分析KEGG COMPOUND 数据库
包括有机酸, 脂类, 碳水化合物, 核酸,肽链,维生素和辅助因子,类固醇,激素和递质,抗生素共9大类别;

看下每条记录的详细信息,以甲酸C000为例

http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?cpd:C00058

如何分析KEGG COMPOUND 数据库
上面的信息可以分成两大类:

1.基本信息

EntryC Number, 在数据库中的唯一标识符
Name名称
Formula化学式
Extract Mass质量
Mol weight分子量
structure结构

2.与其他数据库的链接

Reaction该分子涉及到的的Reaction
Pathway该分子参与的通路
Module该分子参与的module
Enzyme该分子相关的酶
DB第三方数据库的链接

Reaction 数据库存储的是各种compound 之间的反应,所以会有Reaction的链接,比如 R00134

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Pathway 数据库整合了ko, module, reaction, compound 等多个数据库库的信息,所以也会给出compound  参与的通路,在通路中,对应的compound 会高亮显示, 如下图中红色标记的圆形。

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Module 是ko的集合,但是ko只是基因集,真正参与生命活动的是这些基因的产物,在产物发挥作用的时候,也需要compound 的参与,所有会给出compound 相关的module。

Enzyme 数据库保存各种酶的相关信息,酶作为催化剂调控一些生物学过程的发生和进行,在这个过程中肯定也会有compound 的参与;比如1.1.1.306 这种酶催化的反应中, 供体提供甲酸才能进行反应,所以会给出compound 对应的Enzyme 编号;

  1. compound 数据库存储了参与生命活动的各种分子的信息,数据库中的记录用C Number唯一标识, 每条分子都有对应的化学式,结构式,分子量等基本信息;

  2. compound 和reaction , module, pathway, enzeme 等多个数据库都有联系;

看完上述内容,你们掌握如何分析KEGG COMPOUND 数据库的方法了吗?如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容,欢迎关注创新互联行业资讯频道,感谢各位的阅读!


本文标题:如何分析KEGGCOMPOUND数据库
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