TANRIC数据库有什么用

这篇文章主要为大家展示了“TANRIC数据库有什么用”,内容简而易懂,条理清晰,希望能够帮助大家解决疑惑,下面让小编带领大家一起研究并学习一下“TANRIC数据库有什么用”这篇文章吧。

我们提供的服务有:成都网站建设、成都网站制作、微信公众号开发、网站优化、网站认证、新华ssl等。为1000多家企事业单位解决了网站和推广的问题。提供周到的售前咨询和贴心的售后服务,是有科学管理、有技术的新华网站制作公司

TANRIC整合了来自TCGA, CCLE等大型肿瘤研究项目的数据,对多种肿瘤的lncRNA表达量进行分析,差异分析,并对lncRNA与临床信息,基因组等数据进行相关性分析。

网址如下

https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/main.html

数据库构建的pipeline示意如下

TANRIC数据库有什么用

  1. 以Gencode数据库中的lncRNA为标准进行分析,在分析前,过滤掉了其中与蛋白编码基因的exon有重叠的lncRNA

  2. 下载TCGA,CCLE等项目的RNA_seq数据,对肿瘤中的lncRNA进行定量,采用的是RPKM的定量方式,筛选表达量在所有样本中平均值大于0.3的lncRNA进行后续差异分析

  3. 从TCGA中下载样本对应的临床信息,基因组和蛋白组数据,分析lncRNA和这些数据之间的相关性,采用的是斯皮尔曼相关系数,以相关系数0.6作为阈值

网站分为了以下6个模块

1. Summary

这部分可以查看每种肿瘤的数据来源,样本个数等信息,示意如下

TANRIC数据库有什么用

点击Show按钮,可以查看详细信息,示意如下

TANRIC数据库有什么用

2.  Visualization

这部分查看每个肿瘤中lncRNA表达量的聚类结果,以热图的形式呈现,示意如下

TANRIC数据库有什么用

3. Download

这部分用于下载数据,示意如下

TANRIC数据库有什么用

4. Analysis

其他3个模块结果是类似的,都是用于查看lncRNA分析的结果,分成了如下所示的3种分析

TANRIC数据库有什么用

结果展示示意如下

TANRIC数据库有什么用

对于肿瘤中的lncRNA研究而言,该数据库非常值得参考。

以上是“TANRIC数据库有什么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注创新互联行业资讯频道!


网页名称:TANRIC数据库有什么用
当前路径:http://bzwzjz.com/article/ppshid.html

其他资讯

Copyright © 2007-2020 广东宝晨空调科技有限公司 All Rights Reserved 粤ICP备2022107769号
友情链接: 成都品牌网站设计 网站建设公司 网站建设公司 成都网站建设 高端网站设计 古蔺网站建设 成都网站设计 营销网站建设 成都网站建设公司 成都响应式网站建设公司 成都企业网站设计 攀枝花网站设计 成都网站设计 app网站建设 商城网站建设 成都网站制作 网站设计制作报价 成都h5网站建设 成都网站建设 成都企业网站建设公司 响应式网站建设 成都网站建设