一般安装完某个程序，增加了PATH变量的时候，破坏了系统原来的默认路径，可能造成很多命令失效，比如安装了JDK后增加了JDK的路径变量。
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我们了解下PATH命令吧：
PATH的值是一系列目录，当您运行一个程序时，Linux在这些目录下进行搜寻。用以下命令可以看到PATH的值。
$ echo $PATH
例如，在主机中，用户yogin的PATH值为：
/opt/kde/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/home/yogin/bin
其中“:”为分隔符。所以，上面的一串目录可以看成是如下的目录列表。
/opt/kde/bin
/usr/local/bin
/bin:/usr/bin
/usr/X11R6/bin
/home/yogin/bin
同样，也是主机中，用户root的PATH值为：
/opt/kde/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/root/bin
要修改所有用户的PATH值，您可以以root身份编辑/etc/profile文件，修改其中包含“PATH=”的一行。
例如，您可以使用pico编辑器打开/etc/profile文件。
$ pico -w /etc/profile
pico是一个文本编辑器，而-w选项关闭了长行回绕功能。
只有在用户重新注册后，PATH的新值才会生效。如果只是要修改某一个用户的PATH值，就应该编辑该用户主目录中的.bash-profile文件。
如果您想将当前目录加入到PATH中，则将“.”加入PATH中，此时PATH的设定如下：
PATH="$PATH:/usr/X11R6/bin:."
export PATH
注意：在修改了PATH值或任何环境变量后，都要用export将其输出，新的PATH值才能生效。
是root用户还是普通用户
如果是root用户下，检查这些命令是否还在。一般在/usr/bin /usr/sbin。
在/root用户下的.profile 文件中加上 path=/usr/bin；/usr/sbin ，然后source .profile，使变量生效，然后测试命令是否可用
如果是普通用户，需要在普通用户的home目录下设置.profile
linux不能运行程序是被加密了。要保证你安装的是正确的，接着保证你的这个可执行文件有当前登录账号的执行权限，可以用lsal查看一下。
Linux系统下，程序从安全的角度来考虑，是不允许以root用户来启动的，这类程序一般会开放一个或多个端口，和其它程序或者外界进行数据交换，或者其本身就存储着重要数据，比如MySQL。一但被攻破，入侵者会获得root权限，从而掌握整个系统的所有权。
linux命令介绍
linux命令是对Linux系统进行管理的命令。对于Linux系统来说，无论是中央处理器、内存、磁盘驱动器、键盘、鼠标，还是用户等都是文件，Linux系统管理的命令是它正常运行的核心，与之前的DOS命令类似。linux命令在系统中有两种类型，内置Shell命令和Linux命令。
首先介绍一个名词控制台console，它就是我们通常见到的使用字符操作界面的人机接口，例如dos。我们说控制台命令，就是指通过字符界面输入的可以操作系统的命令，例如dos命令就是控制台命令。我们要了解的是基于Linux操作系统的基本控制台命令。
有一点一定要注意，和dos命令不同的是，Linux的命令也包括文件名等等对大小写是敏感的，也就是说，如果你输入的命令大小写不对的话，系统是不会做出你期望的响应的。