TheCancerImmunomeAtlas数据库有什么用

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肿瘤免疫疗法在多种恶性肿瘤的临床治疗上取得了显著效果,然而还是存在大部分患者对于免疫疗法没有响应的问题。为了更好的理解肿瘤和免疫细胞相互作用,科学家对来自TCGA和其他几个大型肿瘤研究项目,共20种实体瘤的NGS数据进行分析,对应文章链接如下

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2211124716317090

为了更好的查看分析结果,将相关数据整理成了一个数据库,网址如下

https://tcia.at/

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点击每个肿瘤对应的柱状图,可以查看具体的数据,以乳腺癌BRCA为例,结果如下

1. Patients list

列出了每个肿瘤患者的ID, 性别,年龄等信息,示意如下

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点击患者ID, 可以查看详细的临床信息,示意如下

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2. Gene Expression

对于基因的表达量,提供了以下3种结果

  1. gene expression boxplots

  2. gene expression heatmaps

  3. survival analysis

结果示意如下

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3. Cell type Fractions

使用qyanTIseq和Cibersort两款软件分析肿瘤患者的免疫细胞组分,结果示意如下

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4. GSEA

分析在某种特定的肿瘤中免疫细胞是否富集,结果示意如下

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5. Heterogeneity

分析不同肿瘤患者的异质性,结果示意如下

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6. Neoantigens

分析肿瘤新抗原,结果示意如下

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该数据库不仅可以查看TCGA中不同肿瘤的分析结果,其分析内容也值得我们借鉴,对于肿瘤样本的NGS数据, 可以进行基因表达与生存分析的关联分析,可以进行免疫细胞浸润分析,新抗原预测等分析内容。

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