如何安装Augustus

小编给大家分享一下如何安装Augustus,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!

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。Augusust是一款预测真核生物基因结构的软件,官网如下:

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/

主要介绍该软件的安装过程,这个软件依赖很多其他软件,安装过程比较繁琐。这里我通过一个最基本的centos的docker 镜像进行演示,首先启动centos容器,命令如下

docker run -i -t --rm centos
1. 安装必须的库文件
yum install -y gcc gcc-c++ make automake
yum install -y boost boost-devel boost-doc
yum install -y zlib zlib-devel ncurses-devel bzip2-devel xz-devel
yum install -y git
2. 安装cmake

要求cmake的版本必须大于3.6,安装过程如下

curl -o  cmake-3.12.0.tar.gz  https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.0.tar.gz
tar xzvf cmake-3.12.0.tar.gz
cd cmake-3.12.0
./bootstrap
make
make install
3. 安装bamtools

必须从github上下载最新版,安装过程如下

git clone https://github.com/pezmaster31/bamtools
cd bamtools/
mkdir build && cd build
cmake ../
make
make install
4. 安装hitslib
git clone https://github.com/samtools/htslib
cd htslib/
autoheader
autoconf
./configure
make
make install
5. 安装samtools
git clone https://github.com/samtools/samtools
cd samtools/
autoheader
autoconf
./configure
make
make install
6. 安装bcftools
git clone https://github.com/samtools/bcftools
cd bcftools
autoheader
autoconf
./configure
make
make install
7. 安装tabix
git clone https://github.com/samtools/tabix
cd tabix/
make
8. 安装augustus

首先设置htslib, samtools, bcftools, tabix 的安装目录,要求这些软件安装在同一个目录下,结构如下

tools/
├── bcftools
├── htslib
├── samtools
└── tabix

设置环境变量TOOLDIR, 命令如下

export TOOLDIR="/tools"

设置好之后,安装augustus的命令如下

wget http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.3.1.tar.gz
tar xzvf augustus-3.3.1.tar.gz
cd augustus-3.3.1/
make
make install

至此,安装才算成功。

以上是“如何安装Augustus”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注创新互联行业资讯频道!


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