GtRNAdb:tRNA数据的示例分析

GtRNAdb:tRNA数据的示例分析,相信很多没有经验的人对此束手无策,为此本文总结了问题出现的原因和解决方法,通过这篇文章希望你能解决这个问题。

贵溪ssl适用于网站、小程序/APP、API接口等需要进行数据传输应用场景,ssl证书未来市场广阔!成为成都创新互联的ssl证书销售渠道,可以享受市场价格4-6折优惠!如果有意向欢迎电话联系或者加微信:18982081108(备注:SSL证书合作)期待与您的合作!

GtRNAdb收录了不同物种的tRNA序列信息,这些tRNA都是通过tRNAscan-SE 2.0软件预测得到,官网如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/

最新版本收录了超过4300个物种的tRNA序列,详细统计信息如下

GtRNAdb:tRNA数据的示例分析

通过该网站,我们可以检索物种对应的tRNA结果,也可以进行BLAST比对。

1. 检索功能

支持通过物种进行检索,根据进化关系,筛选感兴趣的物种,链接如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/browse.html

GtRNAdb:tRNA数据的示例分析

点击三角符号展开,然后筛选相应的次级分类即可。以hg38为例,检索结果链接如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/eukaryota/Hsapi38/

通过左侧的菜单栏,可以详细查看对应的信息。通过FASTA Seqs菜单,可以下载tRNA序列。

GtRNAdb:tRNA数据的示例分析

2. blast 比对功能

通过比对tRNA数据库,确定输入序列类型,链接如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/blast.html

GtRNAdb:tRNA数据的示例分析

需要注意的是,在某些物种中,存在由tRNA衍生出来的重复序列,这些序列一级结构与tRNA非常接近,所以在tRNAscan-SE的预测结果中,会存在部分假阳性结果。GtRNAdb利用特定算法,对tRNAscan-SE直接预测的结果进行了一个过滤,降低了假阳性率。

对于数据库中已知的物种,建议直接利用数据库中的序列就好;对于数据库中没有的物种,再直接用tRNAscan-SE 进行预测。

看完上述内容,你们掌握GtRNAdb:tRNA数据的示例分析的方法了吗?如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容,欢迎关注创新互联行业资讯频道,感谢各位的阅读!


当前题目:GtRNAdb:tRNA数据的示例分析
当前路径:http://bzwzjz.com/article/jipgoc.html

其他资讯

Copyright © 2007-2020 广东宝晨空调科技有限公司 All Rights Reserved 粤ICP备2022107769号
友情链接: 移动手机网站制作 定制网站设计 成都网站制作 重庆企业网站建设 专业网站设计 企业网站建设公司 成都网站设计 成都网站建设 成都商城网站建设 高端网站设计推广 定制网站设计 四川成都网站设计 成都网站建设公司 网站设计 自适应网站设计 成都商城网站制作 成都网站设计 营销网站建设 品牌网站建设 成都响应式网站建设 成都网站设计制作公司 成都网站建设