3dsnp数据库有什么用用

这篇文章将为大家详细讲解有关3dsnp数据库有什么用用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

创新互联-专业网站定制、快速模板网站建设、高性价比莱阳网站开发、企业建站全套包干低至880元,成熟完善的模板库,直接使用。一站式莱阳网站制作公司更省心,省钱,快速模板网站建设找我们,业务覆盖莱阳地区。费用合理售后完善,10余年实体公司更值得信赖。

在全基因组范围内的SNP位点中,位于编码基因上的SNP位点只是非常小的一部分,绝大部分都是位于非编码区。通过ENCODE, Roadmap等项目,得到了SNP位点与基因组各种元件的位置关系,然而仅仅通过位置分布来解释和预测SNP在基因调控作用中的作用是非常困难的,类似增强子的调控作用,基因调控是一个非常复杂的过程,不仅仅局限在基因组位置相近的元件之间。

随着三维基因组学的发展,尤其是染色质环结构的发现,使得人们对于基因调控的机制有了进一步认识。通过染色质环在空间上拉近了增强子与启动子的距离,使得增强子可以与启动子结合,从而突破线性距离的限制,发挥调控作用。

为了更好的研究SNP与基因调控的关系,科学家将染色质环介导的互作信息和SNP联系起来,通过公共数据库,挖掘并整理出了位于非编码区的SNP位点在空间互作中的分布。

数据库的网址如下

http://cbportal.org/3dsnp/

3dsnp数据库有什么用用

从dbSNP数据库中得到human的SNP位点信息,然后通过1000G数据库中的频率进行LD分析,得到SNP位点间的连锁关系。同时对于SNP位点附近的基因进行注释,利用UCSC提供的基因注释,注释SNP位点上下游两侧2kb范围内的基因。

对于染色质空间互作信息,直接从已经发表的hi-c数据中得到染色质环的信息。如果原始hi-c数据集没有提供染色质环信息,则用HOMER软件进行分析得到染色质环。

结合染色质环和SNP位点的基因组位置,就可以构建出SNP位点在染色环介导的调控网络中的分布。为了更进一步研究SNP在调控网络中的影响,还提供了SNP对应的增强子,启动子,转录因子结合位点,motif等注释信息。

同时为了更好的筛选SNP位点,结合以上提到的多种注释信息,建立了一套打分系统,对SNP位点在调控网络中的重要性进行打分。

通过首页的检索框可以方便的进行检索,检索结果示意如下

3dsnp数据库有什么用用

点击SNP ID可以查看详细信息,以rs746077852为例,结果如下

1. 汇总信息

这部分展示该SNP位点的各项得分值,示意如下

3dsnp数据库有什么用用

2.  SNP位点的基因组位置和频率

3dsnp数据库有什么用用

3.  在基因组上分布的可视化

提供了circos和UCSC两种可视化结果,示意如下

3dsnp数据库有什么用用

3dsnp数据库有什么用用

4.  Linear closest gene

SNP位点上下游2kb范围内的基因,示意如下

3dsnp数据库有什么用用

5. 在染色质环中的分布

3dsnp数据库有什么用用

6.  在增强子和启动子中的分布

3dsnp数据库有什么用用

7. 物种间保守性

3dsnp数据库有什么用用

3dSNP数据库将SNP位点与染色质环介导的调控信息联系起来,提供了SNP研究的新视角,为研究SNP对基因调控的影响提供了新思路,非常值得参考和借鉴。

关于“3dsnp数据库有什么用用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,使各位可以学到更多知识,如果觉得文章不错,请把它分享出去让更多的人看到。


分享题目:3dsnp数据库有什么用用
文章路径:http://bzwzjz.com/article/jgoide.html

其他资讯

Copyright © 2007-2020 广东宝晨空调科技有限公司 All Rights Reserved 粤ICP备2022107769号
友情链接: 企业网站建设 成都网站建设 成都网站建设 上市集团网站建设 网站制作公司 成都企业网站制作 四川成都网站建设 温江网站设计 手机网站制作 定制网站建设多少钱 品牌网站建设 成都网站建设公司 专业网站建设 重庆网站制作 定制网站制作 成都网站建设 定制级高端网站建设 手机网站制作 成都网站制作 企业手机网站建设 成都网站设计 企业网站建设公司