sed 删除换行符
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sed ':label;N;s/\n/:/;b label' filename
sed ':label;N;s/\n/:/;t label' filename
shell中echo输出不换行。
linux的echo命令, 在shell编程中极为常用, 在终端下打印变量value的时候也是常常用到的, 因此有必要了解下echo的用法echo命令的功能是在显示器上显示一段文字，一般起到一个提示的作用。该命令的一般格式为： echo-n 字符串其中选项n表示输出文字后不换行。
去掉文件中的换行符
(1)tr命令的操作是针对文件的操作,它把整个文本当做操作的对象,所以可以直接去除文件中的换行符
tr '\n' ' ' file
(2)sed的操作对象是行.而作为行分割符号的回车符,本身是不属于行的.所以sed中必须加上N命令,把下一行的内容添加到当前的pattern space中,这样实际上是把相邻的2行合并了.下一次仍然是先n,再p,再N,开始新的轮回:
cat file | sed 'N;s/\n/ /'
所以上面的语句是不能把文件内容合并为一行的,到底该怎么写,我暂时没有想到,呵呵
(3)直接用awk
awk '{printf("%s ",$0)}' file
(4)当然,用echo也是可以的:
while read line;do echo -n "$line"; done awk_help.txt, 这样,可以把awk_help.txt的内容合并为一行
sed -e "s#\[/r][/r][/n]#\[/r][/n]#g" file
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
指令代码：set nowrap
详解：我们在linux服务起上多用vim查看文件，常有这行的情况，我们的解决办法有两个，即，
在编辑模式下 :set nowrap
修改配置文件~/.vimrc set nowrap
拓展：
syntax on " 自动语法高亮
"set number " 显示行号
"set cursorline " 突出显示当前行
set shiftwidth=4 " 设定 和 命令移动时的宽度为 4
set softtabstop=4 " 使得按退格键时可以一次删掉 4 个空格
set tabstop=4 " 设定 tab 长度为 4
在windows上编写的shell、python等脚本在Linux上无法正常的执行，会有 ^M 相关提示，
原因 ：
在Linux上使用vim打开文件，显示很多的 ^M 字符，主要是因为在Windows下换行使用CRLF两个字符来表示，其中CR为回车（ASCII=0x0D），LF为换行（ASCII=0x0A），而在Linux下使用LF一个字符来表示。在Linux下使用vim来查看一些Windows下创建的脚本文件时，会发现在每一行尾部有^M字符，其实它是显示CR回车字符
Unix体系里，每行结尾只有“换行”，即“\n”；
Windows体系里面，每行结尾是“换行回 车”，即“\n\r”。
一个直接结果是，Unix体系下的文件在Windows里打开的话，所有文字会变成一行；
而Windows里的文件在Unix下打开的话，在每行的结尾可能会多出一个^M符号。
如果正常编辑文件中看不见^M，可以用”cat -A test.file”号令查看。
使用vim方式处理
在vim命令模式下输入%s/^M$//g
回车即会自动删除该文件中的所有 ^M 字符。
% 指匹配整个文件，s 是置换的意思，^M 注意要用 Ctrl + V Ctrl + M 来输入，M 后面的 $ 代表匹配行尾的内容，最后的 g 则表示每行中匹配到的内容都要置换。
理解了命令的含义，就好变通使用了，比如说，要将某个文件中的 Vim 全部替换成 VIM，则可以使用这样的命令：:%s/Vim/VIM/g。
方法1：
在命令模式下:输入:%s/^M//g 然后,回车即可替换
注,其中”^M”的输入,分别是“Ctrl+v”、“Ctrl+M”键生成的
方法2:
使用vi打开文本文件
vi dos.txt
命令模式下输入
:set fileformat=unix
:w
方法3:
使用sed 工具
sed ’s/^M//’ filename tmp_filename
方法4:
既然window下的回车符多了‘\r’，那么当然通过删除‘\r’ ，也可以实现：
tr -d ‘\r’
方法5：使用Linux上的工具
tofrodos
（1）安装tofrodos
sudo apt-get install tofrodos
实际上它安装了两个工具：todos（相当于unix2dos），和fromdos（相当于dos2unix）
安装完即可，现在你已经可以进行文本格式的转换啦。
比如： todos Hello.txt (即unix2dos Hello.txt)
fromdos Hello.txt (即dos2unix Hello.txt)
PS ：
编辑器IDE设置文件回车格式为unix格式