在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
echo命令 用于在shell中打印shell变量的值，或者直接输出指定的字符串。linux的echo命令，在shell编程中极为常用, 在终端下打印变量value的时候也是常常用到的，因此有必要了解下echo的用法echo命令的功能是在显示器上显示一段文字，一般起到一个提示的作用。
1.显示普通字符串：
2.显示转义字符
3.显示变量
4.显示换行
5.显示不换行
将以上命令保存在test.sh文件中，shell命令中执行：sh test.sh
6.显示结果定向至文件
7.原样输出字符串，不进行转义或去变量
8.显示命令执行结果
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换行符在Linux和Windows下的区别\x0d\x0a \x0d\x0a一、区别\x0d\x0a换行符：\x0d\x0a1.windows中的换行符是\r\n，\x0d\x0a2. linux/unix下的换行符是\n。\x0d\x0a其中:\x0d\x0a回车符：\r=0x0d (13) return； #回车\x0d\x0a换行符：\n=0x0a (10) newline。#换行\x0d\x0a\x0d\x0a二、文件格式互转命令\x0d\x0a1.unix2dos：将具有unix风格的格式文件转化为具有window下的格式文件。\x0d\x0a2.dos2unix：将具有windows风格的格式文件转化为unix下的格式文件。
\就能换行 并且不影响你继续写命令，
出现可以继续输入命令。
例如：apache源代码安装，
./configure --prefix=/export/apache \
--enable-modules=most \
--enable-mods-shared=all \
--enable-so \
--enable-rewrite
延展阅读：
《Linux命令行技术大全》的编写基于FedoraCore6操作系统，2.6.18内核，汇集了绝大部分命令的功能介绍、参数说明和注意事项，并针对具体应用列举了大量示例，分别详细地介绍了磁盘管理命令、文件管理、系统管理命令、网络配置命令、网络服务命令、系统应用命令、系统安全命令及其他命令，以及Shell和Shell编程，使读者真正做到学以致用。《Linux命令行技术大全》内容全面、语言简练、深入浅出、通俗易懂，既可作为即查即用的工具手册，也可作为了解Linux系统的参考书目。《Linux命令行技术大全》同样适用于其他Linux发行版，是Linux用户必备的参考用书。
《Linux命令行技术大全》适合系统管理员、开发人员和高级用户阅读。
Linux最简单基础的常用命令，掌握这些命令就可简单使用Linux系统。
Linux中的目录即为Windows中常说的文件夹，不同层级之间以 / 分隔，如 /home/cooper/Desktop/working ；而Windows采用 \ 分隔，如 C:\Users\cooper\Desktop\MyScripts 。
Linux中文件扩展名仅起标识作用，而不像Windows系统中是必备的。Linux中常见可编辑文件类型均为文本文件，可使用文本编辑器直接编辑。Windows文件的换行符采用 \r\n ，而Linux文件的换行符采用 \n ，当在Linux中无法执行Windows文件时，可尝试 dos2unix filename 转换文件的换行符。
Linux中以 . 开头命名的文件为隐藏文件，一般为配置文件或配置目录，如 ~/.bashrc 为用户的BASH配置文件， ~/.vim/ 目录存放VIM编辑器的配置文件。如果不清楚这些文件目录的含义，不要擅自修改这些隐藏文件。
绝对路径与相对路径：绝对路径是指从根目录开始的目录路径，而相对路径是指相对于当前目录的目录路径。下述所有关于目录和文件的操作均可使用绝对路径和相对路径。
Linux中文件与目录名建议以小写英文字母开始，中间可使用 _ 、 - 、 . 、穿插大小写字母及数字等方式进行分割标记。
Note ：大多数情况下，如果一个目录名为'dirname'，那么 dirname 与 dirname/ 均可作为目录名使用。
进入系统后，首先要进入一个目录。Linux中最常用的目录切换命令为 cd ，即change directory的缩写，其常见用法包括：
Note ： cd - 只能单独使用
打印当前目录内容的命令为 ls ，即list的缩写，常见用法包括：
进入层级关系复杂的目录后，有时需要确认当前目录是否为想要进入的目录，此时可以通过打印当前目录路径进行确认。 pwd 命令，即print working directory的缩写，其使用直接在命令行键入即可。
cp 命令为拷贝或拷贝重命名，copy的缩写。 mv 命令为移动或移动重命名，move的缩写。这两个命令都支持对目录或文件的操作，常见用法如下：
Note ：不论是 cp 还是 mv ，当目标文件名或目标目录名与原文件或原文件名一致时，目标文件或目标目录将会被原文件或目录覆盖。例如：
文件和目录的创建可分别使用 touch 、 mkdir 命令，常用操作如下：
Note ：
rm 命令，即remove的缩写，用于删除文件或目录。常用操作如下：
Note ：
Tab 键可用于命令、文件名、目录名、变量名等补全，该命令人畜无害，记不清上述名称时按 Tab ，一次不够多按几次即可。如果没有出现想要的内容，检查已键入的命令或名称。
Linux系统中难免要使用VIM编辑器进行文本编辑，最简单的使用方法为：
最简单的VIM编辑器使用就是进入编辑模式编辑，最后进入底线命令模式退出。
echo -e 'zero\nzo\nzoo'
-e 若字符串中出现以下字符，则特别加以处理，而不会将它当成一般
文字输出：
\a 发出警告声；
\b 删除前一个字符；
\c 最后不加上换行符号；
\f 换行但光标仍旧停留在原来的位置；
\n 换行且光标移至行首；
\r 光标移至行首，但不换行；
\t 插入tab；
\v 与\f相同；
\\ 插入\字符；
\nnn 插入nnn（八进制）所代表的ASCII字符；