如果shell脚本和java程序运行在不同的服务器上，可以使用远程执行Linux命令执行包，使用ssh2协议连接远程服务器，并发送执行命令就行了，ganymed.ssh2相关mave配置如下，你可以自己百度搜索相关资料。
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如果shell脚本和java程序在同一台服务器上，
这里不得不提到java的process类了。
process这个类是一个抽象类，封装了一个进程（你在调用linux的命令或者shell脚本就是为了执行一个在linux下执行的程序，所以应该使用process类）。
process类提供了执行从进程输入，执行输出到进程，等待进程完成，检查进程的推出状态，以及shut down掉进程。
dependency
groupIdcom.ganymed.ssh2/groupId
artifactIdganymed-ssh2-build/artifactId
version210/version
/dependency
本地执行命令代码如下：
String shpath="/test/test.sh"; //程序路径
Process process =null;
String command1 = “chmod 777 ” + shpath;
process = Runtime.getRuntime().exec(command1);
process.waitFor();
public static void parseLog(ArrayListString logAddress,
ArrayListString exceWords, HashMapString,String excelevel,String beginTime,int start,int end,String fmt) throws IOException,
InterruptedException {
Date date = null;
long dbDate = 0;
dbDate = DBLogExce.getMaxDate();
for (int i = 0; i logAddress.size(); i++) {//遍历URLString url = logAddress.get(i);
//主要运用java中的Process类，调用exc();方法，执行命令，的到输入流，解读文件，
Process proc = null;try {proc = Runtime.getRuntime().exec(
"grep " + "'" + beginTime + "' " + url);
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();}InputStream stderr = proc.getErrorStream();
InputStreamReader isr = new InputStreamReader(stderr);
BufferedReader br = new BufferedReader(isr);
String line = null;
while ((line = br.readLine()) != null)
System.out.println("OUT");
for(int j=0;jexceWords.size();j++){
//判断当天的日志是否包含异常关键字
int index = line.indexOf(exceWords.get(j));
if(index!=-1){
String exceLevel = excelevel.get(exceWords.get(j));
//解析异常得到时间
line = line.substring(start, end);
date = ToolUtils.parseToDate(line, fmt);
long l = date.getTime();
//判断大于数据库最大时间，插库
对于第一个问题：java抓取，并且把结果打包。那么比较直接的做法就是，java接收各种消息（db，metaq等等），然后借助于jstorm集群进行调度和抓取。
最后把抓取的结果保存到一个文件中，并且通过调用shell打包， 回传。 也许有同学会问，
为什么不直接把java调用odps直接保存文件，答案是，我们的集群不是hz集群，直接上传odps速度很有问题，因此先打包比较合适。（这里不纠结设计了，我们回到正题）
java调用shell的方法
通过ProcessBuilder进行调度
这种方法比较直观，而且参数的设置也比较方便， 比如我在实践中的代码(我隐藏了部分业务代码)：
ProcessBuilderpb = new ProcessBuilder("./" + RUNNING_SHELL_FILE, param1,
param2, param3);
pb.directory(new File(SHELL_FILE_DIR));
int runningStatus = 0;
String s = null;
try {
Process p = pb.start();
try {
runningStatus = p.waitFor();
} catch (InterruptedException e) {
}
} catch (IOException e) {
}
if (runningStatus != 0) {
}
return;
这里有必要解释一下几个参数：
RUNNING_SHELL_FILE：要运行的脚本
SHELL_FILE_DIR：要运行的脚本所在的目录； 当然你也可以把要运行的脚本写成全路径。
runningStatus：运行状态，0标识正常。 详细可以看java文档。
param1, param2, param3：可以在RUNNING_SHELL_FILE脚本中直接通过1,2,$3分别拿到的参数。
直接通过系统Runtime执行shell
这个方法比较暴力，也比较常用， 代码如下：
p = Runtime.getRuntime().exec(SHELL_FILE_DIR + RUNNING_SHELL_FILE + " "+param1+" "+param2+" "+param3);
p.waitFor();
我们发现，通过Runtime的方式并没有builder那么方便，特别是参数方面，必须自己加空格分开，因为exec会把整个字符串作为shell运行。
可能存在的问题以及解决方法
如果你觉得通过上面就能满足你的需求，那么可能是要碰壁了。你会遇到以下情况。
没权限运行
这个情况我们团队的朱东方就遇到了， 在做DTS迁移的过程中，要执行包里面的shell脚本， 解压出来了之后，发现执行不了。 那么就按照上面的方法授权吧
java进行一直等待shell返回
这个问题估计更加经常遇到。 原因是， shell脚本中有echo或者print输出， 导致缓冲区被用完了! 为了避免这种情况， 一定要把缓冲区读一下， 好处就是，可以对shell的具体运行状态进行log出来。 比如上面我的例子中我会变成：
ProcessBuilderpb = new ProcessBuilder("./" + RUNNING_SHELL_FILE, keyword.trim(),
taskId.toString(), fileName);
pb.directory(new File(CASPERJS_FILE_DIR));
int runningStatus = 0;
String s = null;
try {
Process p = pb.start();
BufferedReaderstdInput = new BufferedReader(new InputStreamReader(p.getInputStream()));
BufferedReaderstdError = new BufferedReader(new InputStreamReader(p.getErrorStream()));
while ((s = stdInput.readLine()) != null) {
LOG.error(s);
}
while ((s = stdError.readLine()) != null) {
LOG.error(s);
}
try {
runningStatus = p.waitFor();
} catch (InterruptedException e) {
}
记得在start()之后， waitFor（）之前把缓冲区读出来打log， 就可以看到你的shell为什么会没有按照预期运行。 这个还有一个好处是，可以读shell里面输出的结果， 方便java代码进一步操作。
也许你还会遇到这个问题，明明手工可以运行的命令，java调用的shell中某一些命令居然不能执行，报错：命令不存在！
比如我在使用casperjs的时候，手工去执行shell明明是可以执行的，但是java调用的时候，发现总是出错。
通过读取缓冲区就能发现错误日志了。 我发现即便自己把安装的casperjs的bin已经加入了path中（/etc/profile,
各种bashrc中）还不够。 比如：
exportNODE_HOME="/home/admin/node"
exportCASPERJS_HOME="/home/admin/casperjs"
exportPHANTOMJS_HOME="/home/admin/phantomjs"
exportPATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:/root/bin:$NODE_HOME/bin:$CASPERJS_HOME/bin:$PHANTOMJS_HOME/bin
原来是因为java在调用shell的时候，默认用的是系统的/bin/下的指令。特别是你用root权限运行的时候。 这时候，你要在/bin下加软链了。针对我上面的例子，就要在/bin下加软链：
ln -s /home/admin/casperjs/bin/casperjscasperjs;
ln -s /home/admin/node/bin/nodenode;
ln -s /home/admin/phantomjs/bin/phantomjsphantomjs;
这样，问题就可以解决了。
如果是通过java调用shell进行打包，那么要注意路径的问题了
因为shell里面tar的压缩和解压可不能直接写：
tar -zcf /home/admin/data/result.tar.gz /home/admin/data/result
直接给你报错，因为tar的压缩源必须到路径下面， 因此可以写成
tar -zcf /home/admin/data/result.tar.gz -C /home/admin/data/ result
如果我的shell是在jar包中怎么办？
答案是：解压出来。再按照上面指示进行操作。（1）找到路径
String jarPath = findClassJarPath(ClassLoaderUtil.class);
JarFiletopLevelJarFile = null;
try {
topLevelJarFile = new JarFile(jarPath);
EnumerationJarEntry entries = topLevelJarFile.entries();
while (entries.hasMoreElements()) {
JarEntryentry = entries.nextElement();
if (!entry.isDirectory() entry.getName().endsWith(".sh")) {
对你的shell文件进行处理
}
}
对文件处理的方法就简单了，直接touch一个临时文件，然后把数据流写入，代码：
FileUtils.touch(tempjline);
tempjline.deleteOnExit();
FileOutputStreamfos = new FileOutputStream(tempjline);
IOUtils.copy(ClassLoaderUtil.class.getResourceAsStream(r), fos);
fos.close();
1、最常用的方法：
Process p = Runtime.getRuntime().exec(SHELL_FILE_DIR + RUNNING_SHELL_FILE +
" "+param1+" "+param2+" "+param3);
int runnngStatus = p.waitFor();
2、通过ProcessBuilder进行调度，这种方法比较直观，而且参数的设置也比较方便：
ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder("./" + RUNNING_SHELL_FILE, param1,
param2, param3);
pb.directory(new File(SHELL_FILE_DIR));
int runningStatus = 0;
String s = null;
try {
Process p = pb.start();
try {
runningStatus = p.waitFor();
} catch (InterruptedException e) {
e.printStackTrace();
}
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}
if (runningStatus != 0) {
}
return;
参数说明：
RUNNING_SHELL_FILE：要运行的脚本
SHELL_FILE_DIR：要运行的脚本所在的目录； 当然你也可以把要运行的脚本写成全路径。
runningStatus：运行状态，0标识正常。 详细可以看java文档。
param1, param2, param3：可以在RUNNING_SHELL_FILE脚本中直接通过1,1,2,$3分别拿到的参数。
如果是jython，也就是运行在Jvm上的python的话，可以使用JSR223，JDK1.6已经包含了该扩展包。JSR223是一个用于解析多种脚本语言的库包，其中包括Jython。除了JSR223包之外，还需要jython-engine.jar包。
ScriptEngine engine = new ScriptEngineManager().getEngineByName("python");
try
{
engine.eval(new FileReader("./script/listing.py"));
}
catch(ScriptException se)
{
}
catch(IOException ie)
{
}
或者参考：
很久之前用过ScriptEngine，对在Jvm上的脚本语言比如jruby,jython,groovy等支持性都很好，有点忘记了。