这种定时任务一般都是写shell脚本来解决，通过定时执行shell脚本来实现定时任务。
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可以在shell脚本中，指定需要批量删除的数据库，将它们设置为变量，然后写清空表的语句，就可以实现定义在变量中的数据库批量删除。
你可以先写一个脚本进行测试，可以读取到一个数据库就行，然后将多个数据库放到数组中，循环遍历即可。
最后测试没问题的话，就可以将shell脚本添加到crontab定时任务中，就可以实现每2天定时清空数据表。
用linux的定时任务crond
Crond是linux系统中用来定期执行命令／脚本或指定程序任务的一种服务或软件，一般情况下，我们安装完Centos5/6 linux操作系统之后，默认便会启动Crond任务调度服务。
Crond服务会定期（默认每分钟检查一次）检查系统中是否有要执行的任务工作，如果有，便会根据其预先设定的定时任务规则自动执行该定时任务工作，这个crond定时任务服务就相当于我们平时早起使用的闹钟一样。
crontab -l 查看当前用户的定时任务配置
crontab -e 进入当前用户的定时任务vim编辑模式
具体你查下linux crond的用法
转：
mysql的定时任务一般用event(事件)来完成，触发器无法完成。
一、通过mysql的命令行客户端来完成
1、set global event_scheduler =1; //开启event_scheduler
执行这个语句如果出现，可在mysql的配置文档中设置[mysqld]段中添加 event_scheduler=ON
如果重启mysql；这种情况下依然出错，Error Code: 1290. The MySQL server is running with the --event-scheduler=DISABLED
or --skip-grant-tables option so it cannot execute this statement，这个错误是说启动服务器时如果指定了--skip-grant-tables选项，则event_scheduler则自动被设置为DISABLED。命令行或配置文件的设置都会被覆盖。建议重现安装mysql或是修改启动参数(在系统服务中指定)。
查看event_scheduler状态：show status like '%event%'; 或SELECT @@event_scheduler;
2、CREATE PROCEDURE Mypro() //创建存储过程
BEGIN
update userinfo SET endtime = now() WHERE id = '155';
END;
3、创建event My_enevt,每隔三十秒执行一次
create event if not exists e_test
on schedule every 30 second
on completion preserve
do call Mypro();
4、关闭事件
alter event e_test ON COMPLETION PRESERVE DISABLE;
5、开启事件
alter event e_test ON COMPLETION PRESERVE ENABLE;
语法：
CREATE EVENT [IF NOT EXISTS] event_name ON SCHEDULE schedule [ON COMPLETION
[NOT] PRESERVE] [ENABLE | DISABLE] [COMMENT 'comment'] DO sql_statement;
schedule: AT TIMESTAMP [+ INTERVAL INTERVAL] | EVERY INTERVAL [STARTS TIMESTAMP]
[ENDS TIMESTAMP] INTERVAL: quantity {YEAR | QUARTER | MONTH | DAY | HOUR |
MINUTE | WEEK | SECOND | YEAR_MONTH | DAY_HOUR | DAY_MINUTE | DAY_SECOND |
HOUR_MINUTE | HOUR_SECOND | MINUTE_SECOND}
示例:
1) 首先来看一个简单的例子来演示每秒插入一条记录到数据表
CREATE EVENT e_test_insert ON SCHEDULE EVERY 1 SECOND DO INSERT INTO test.aaa VALUES (CURRENT_TIMESTAMP);
2) 5天后清空test表：
CREATE EVENT e_test ON SCHEDULE AT CURRENT_TIMESTAMP + INTERVAL 5 DAY DO TRUNCATE TABLE test.aaa;
3) 2013年7月20日12点整清空test表：
CREATE EVENT e_test ON SCHEDULE AT TIMESTAMP '2013-07-20 12:00:00' DOTRUNCATE TABLE test.aaa;
4) 每天定时清空test表：
CREATE EVENT e_test ON SCHEDULE EVERY 1 DAY DO TRUNCATE TABLE test.aaa;
5) 5天后开启每天定时清空test表：
CREATE EVENT e_test ON SCHEDULE EVERY 1 DAY STARTS CURRENT_TIMESTAMP + INTERVAL 5 DAY DO TRUNCATE TABLE test.aaa;
6) 每天定时清空test表，5天后停止执行：
CREATE EVENT e_test ON SCHEDULE EVERY 1 DAY ENDS CURRENT_TIMESTAMP + INTERVAL 5 DAY DO TRUNCATE TABLE test.aaa;
7) 5天后开启每天定时清空test表，一个月后停止执行：
CREATE EVENT e_test ON SCHEDULE EVERY 1 DAY STARTS CURRENT_TIMESTAMP +
INTERVAL 5 DAY ENDS CURRENT_TIMESTAMP + INTERVAL 1 MONTH DO TRUNCATE TABLE test.aaa;
[ON COMPLETION [NOT] PRESERVE]可以设置这个事件是执行一次还是持久执行，默认为NOT PRESERVE
8)
每天定时清空test表(只执行一次，任务完成后就终止该事件)：
CREATE EVENT e_test ON SCHEDULE EVERY 1 DAY ON COMPLETION NOT PRESERVE DO TRUNCATE TABLE test.aaa;
[COMMENT
comment]可以给该事件加上注释
2修改事件(ALTER EVENT)
ALTER EVENT event_name [ON SCHEDULE schedule] [RENAME TO new_event_name]
[ON COMPLETION [NOT] PRESERVE] [COMMENT 'comment'] [ENABLE | DISABLE] [DO
sql_statement]
1) 临时关闭事件
ALTER EVENT e_test DISABLE;
2) 开启事件
ALTER EVENT e_test ENABLE;
3) 将每天清空test表改为5天清空一次：
ALTER EVENT e_test ON SCHEDULE EVERY 5 DAY;
3删除事件(DROP EVENT)
语法很简单，如下所示：
DROP EVENT [IF EXISTS] event_name
例如删除前面创建的e_test事件
DROP EVENT e_test;
当然前提是这个事件存在，否则会产生ERROR 1513 (HY000): Unknown event错误，因此最好加上IF EXISTS
DROP EVENT IF EXISTS e_test;
二、使用第三方工具来创建，推荐使用HeidiSQL网站：，免费的开源客户端，由德国程序员Ansgar Becker开发；这个软件的界面有中文界面。
打开HeidiSQL，右键单击表名，选创建新的的菜单，再选事件即可，很方便，我们可以编辑事件的时间设置和代码。这里定义人填写root@localhost。
最常用的做法是使用UNIX的cron直接执行Java程序。
并不需要在Java做的那么复杂。
Windows服务器也有类似于cron的任务管理功能，同理
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Tomcat不是用来管理定时任务的，如果没有HTTP请求，Servlet是不会被执行的。
建议lz把定期执行的处理做成一个独立的Java程序，用cron执行。
如果不想写独立的Java程序，也可以用cron定期向Tomcat发送Http请求，但是，这样做的话注意程序处理时间不能太长，因为HTTP通信有timeout的制约。