php可以和很多数据库连接，都有内置函数，和哪一个数据库连接都有一个连接函数，但是都有一个特点，就是都需要服务器名，用户名，密码，连接成功就可以选择数据库，在执行SQL语句，找个PHP手册，里面各种对数据库操作的函数。
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由于数据库很多，标准不统一，有机构用PHP写了一个统一的代码，例如adodb，使用的时候就只需要在连接的函数里面指出是那种数据库，减少很多不必要的麻烦。
现在使用PDO链接数据库的较多
连接是通过创建 PDO 基类的实例而建立的。不管使用哪种驱动程序，都是用 PDO 类名。构造函数接收用于指定数据库源（所谓的 DSN）以及可能还包括用户名和密码（如果有的话）的参数。
连接到 MySQL
?php
$dbh = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=test', $user, $pass);
?
如果有任何连接错误，将抛出一个 PDOException 异常对象。如果想处理错误状态，可以捕获异常，或者选择留给通过 set_exception_handler() 设置的应用程序全局异常处理程序。
处理连接错误
?php
try {
$dbh = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=test', $user, $pass);
foreach($dbh-query('SELECT * from FOO') as $row) {
print_r($row);
}
$dbh = null;
} catch (PDOException $e) {
print "Error!: " . $e-getMessage() . "br/";
die();
}
?
如果应用程序不在 PDO 构造函数中捕获异常，zend 引擎采取的默认动作是结束脚本并显示一个回溯跟踪，此回溯跟踪可能泄漏完整的数据库连接细节，包括用户名和密码。因此有责任去显式（通过 catch 语句）或隐式（通过 set_exception_handler() ）地捕获异常。
连接数据成功后，返回一个 PDO 类的实例给脚本，此连接在 PDO 对象的生存周期中保持活动。要想关闭连接，需要销毁对象以确保所有剩余到它的引用都被删除，可以赋一个 NULL 值给对象变量。如果不明确地这么做，PHP 在脚本结束时会自动关闭连接。
关闭一个连接
?php
$dbh = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=test', $user, $pass);
// 在此使用连接
// 现在运行完成，在此关闭连接
$dbh = null;
?
很多 web 应用程序通过使用到数据库服务的持久连接获得好处。持久连接在脚本结束后不会被关闭，且被缓存，当另一个使用相同凭证的脚本连接请求时被重用。持久连接缓存可以避免每次脚本需要与数据库回话时建立一个新连接的开销，从而让 web 应用程序更快。
外部语言只是与mysql库里面的函数建立关系，并操作、获取mysql库返回值,,所以php连接mysql原理这个问题没有什么好答的，第二个问题，在你的php网站要调用mysql数据库内容的地方，直接拿mysql函数库中的mysql_conetct等函数来操作就行了。