数据库不能执行，和文件权限没有关系，你应该检查一下数据库服务器是否允许访问，这个网上很多我就不叙述了。
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如果是需要在WEB服务器执行本地操作，那你需要给这些文件增加权限，并不需要所有的都增加，比如我的网站，所有的文件操作都用一个类，所以我只需要把这一个文件设置为777就可以，其他的PHP文件调用即可完成操作
比如你登录后存储用户名是用session， 而且键名是user
那么
在网页2头部加上如下代码：
?php
session_start();
if ( $_SESSION['user'] != 'bc' ) {
echo 'scriptalert("无权限");/script';
die;
}
其他的同理！
当然， 具体项目这样做的话， 肯定是不现实的， 那么多用户， 都用用户名来判断的话， 会整死人的！
所以， 我这个代码也只是跟着你的思路走而已！
建议： 数据库再增加一个字段， 用于记录该用户权限
登录成功后， 同时取出该用户的权限字段值，并进行储存（ 比如session ）
然后在每个页面用权限字段来进行判断！
通常，可以在 php 的 $_SESSION 全局数组里，定义一个成员，然后用 if-else 语句判断，比如：
if($_SESSION['name']=='abc'){
//有权限访问该页面
}else{
//无权访问
}
更进一步的分级权限控制，可以通过数据库建立权限表，根据权限表中的记录来判断是否能访问。
个人觉得提的问题范围有些大,如果只针对案例要解决这个问题很简单,只需要设置部门,个人的使用权限即可,权限都是叠加的,比如A员工只能查看A部门的工资,只需将A部门权限给a员工即可,部门隶属权限都具备了这都不是问题了.
如果是企业级系统涉及多模块及业务数据的权限控制的话,就需要设计独立的数据权限模块才能做到架构层面解决了,可对表级设置权限策略.
建议通过phpMyAdmin 来设置数据库用户的权限。phpMyAdmin 是一个以PHP为基础，以Web-Base方式架构在网站主机上的MySQL的数据库管理工具，让管理者可用Web接口管理MySQL数据库。
一、首先您需要在服务器上安装配置 phpMyAdmin。
安装比较复杂，详见
二、创建用户（如之前已经创建好用户，可以省略这一步）
点击“添加新用户”这个连接，添加一个新的数据库用户名；
三、权限设置
编辑刚刚创建的用户的权限（如下图所示）
四、重新加载授权表
修改完用户权限以后需要回到 phpMyAdmin 的首页，重新加载一下授权（如下图）即可。
将权限设置成777就可以了啊。chmod 777 【文件名】
“777”代表权限，对应rwdrwdrwd,从左往右第一位‘7’代表属主的权限对应第一组‘rwd’，r标识可以读，w代表可以写，x代表可以执行。
第二位‘7’代表属组的权限，第三位‘7’代表所有人的权限。例如只允许属主读写执行赋予700权限对应rwd权限。也可以使用a、u、字母表示权限，比如chmod a+x 【文件名】 是赋予任何人执行的权限，chmod a+r 【文件名】是赋予所有人读得权限，chmod a+w 【文件名】是赋予所有人写的权限，等等。
不过设置777不安全，最好设置成可读就可以了,744应该可以。