ls会列举出当前工作目录的内容（文件或文件夹）。
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mkdir 用于新建一个新目录
显示当前工作目录
切换文件路径，cd 将给定的文件夹（或目录）设置成当前工作目录。
删除给定的目录。
rm 会删除给定的文件
cp 命令对文件进行复制
mv 命令对文件或文件夹进行移动，如果文件或文件夹存在于当前工作目录，还可以对文件或文件夹进行重命名。
cat 用于在标准输出（监控器或屏幕）上查看文件内容
ail 默认在标准输出上显示给定文件的最后10行内容，可以使用tail -n N 指定在标准输出上显示文件的最后N行内容。
less 按页或按窗口打印文件内容。在查看包含大量文本数据的大文件时是非常有用和高效的。你可以使用Ctrl+F向前翻页，Ctrl+B向后翻页。
grep 在给定的文件中搜寻指定的字符串。grep -i “” 在搜寻时会忽略字符串的大小写，而grep -r “” 则会在当前工作目录的文件中递归搜寻指定的字符串。
这个命令会在给定位置搜寻与条件匹配的文件。你可以使用find -name 的-name选项来进行区分大小写的搜寻，find -iname 来进行不区分大小写的搜寻。
tar命令能创建、查看和提取tar压缩文件。tar -cvf 是创建对应压缩文件，tar -tvf 来查看对应压缩文件，tar -xvf 来提取对应压缩文件。
gzip 命令创建和提取gzip压缩文件，还可以用gzip -d 来提取压缩文件。
unzip 对gzip文档进行解压。在解压之前，可以使用unzip -l 命令查看文件内容。
help会在终端列出所有可用的命令,可以使用任何命令的-h或-help选项来查看该命令的具体用法。图就省略啦，会有详细列表显示出来的。
whatis 会用单行来描述给定的命令，就是解释当前命令。
exit用于结束当前的终端会话。
ping 通过发送数据包ping远程主机(服务器)，常用与检测网络连接和服务器状态。
who能列出当前登录的用户名。
su 用于切换不同的用户。即使没有使用密码，超级用户也能切换到其它用户。
uname会显示出关于系统的重要信息，如内核名称、主机名、内核版本、处理机类型等等，使用uname -a可以查看所有信息。
df查看文件系统中磁盘的使用情况–硬盘已用和可用的存储空间以及其它存储设备。你可以使用df -h将结果以人类可读的方式显示。
ps显示系统的运行进程。
top命令会默认按照CPU的占用情况，显示占用量较大的进程,可以使用top -u 查看某个用户的CPU使用排名情况。
shutdown用于关闭计算机，而shutdown -r用于重启计算机。这个我就不试了......
1、ls命令
ls是list的缩写，常用命令为ls(显示出当前目录列表)，ls -l（详细显示当前目录列表），ls -lh(人性化的详细显示当前目录列表)，ls -a(显示出当前目录列表，包含隐藏文件)
2、cd 命令
cd是change direcory的缩写，常用命令为 cd 目录，cd ..为返回上级目录，cd - 返回上次所在目录
3、pwd命令
常用命令为pwd 显示当前所在目录
4、mkdir命令
mkdir命令为创建空目录命令，通常用法为mkdir 目录名，mkdir -p 目录名/目录名 可以递归创建多个不存在的目录
5、rm命令
rm为删除命令remove，rm 文件，谨慎操作
6、rmdir命令
rm为删除命令remove direcory，rm 目录，谨慎操作
7、mv命令
mv命令move，移动剪切命令，mv 文件 目录，mv 文件 文件（会覆盖）
8、cp命令
cp命令为copy命令，复制文件或目录到别的目录里面,cp 文件/目录 目录/文件
9、touch命令
touch命令创建空文件，比如touch xx.txt,touch 目录 文件
10、cat命令
cat命令查看当前文件内容，cat fi.txt f2.txt f3.txt合并文件内容，cat -n 对所有行进行编号
11、nl命令
nl命令 为文件加入显示行号，nl 文件名，nl -b a 文件名，将空行也加如行号
12、more 命令
more命令 按页显示文件内容，more 文件名,more -2 文件名 每2行显示一页
13、less命令
less命令查看文件内容，可以上下翻页，less 文件名
14、head命令
head命令可以查看文件前几行内容，head -n 2 文件名
15、tail命令
tail命令可以查看文件后几行内容，tail -n 2 文件名
16、which命令
which 可以执行文件名称，显示路径
17、whereis命令
whereis -m svn 查出说明文档路径，whereis -s svn 找source源文件。
18、locate命令
locate /etc/m 搜索ect目录下所有m开头的文件
19、find 命令
find . -name "*.log"根据关键字查找
20、find exec命令
ls -l命令放在find命令的-exec选项中 find . -type f -exec ls -l {} ;
21、find xargs命令
find . -type f -print | xargs file查找系统中的每一个普通文件，然后使用xargs命令来测试它们分别属于哪类文件
22、ls -lih命令
详细的文件属性
23、zmodem
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
1、cal
2、cat 由第一行开始显示 如果想把输入命令的内容写入文件，需用单引号， eg： ‘date’
-n 显示行号
-b 显示行号
eg: cat /etc/redhat-release 看版本
3、tac 由最后一行倒显示
4、nl 显示的时候输出行号
5、more 一页一页的显示 less 与more类似，可以往前翻页
6、od 以二进制方式读取
7、cd
~ 家目录
- 上一次目录
8、chattr lsattr
+-= ai 设置后不能删除数据
9、lasttr
-daR 显示文件的隐藏属性
[root@localhost ~]# ls -l
总用量 44
-rw------. 1 ---- root ---- root --------1207 1 月14 18:18 anaconda-ks.cfg
权限--引用计数 所有者 -- 所属组--- 大小-- 文件修改时间 文件名
ls [选项] [文件名或目录名]
选项:
-a :显示所有文件
--color=when:支持颜色输出
-d :显示目录信息,而不是目录下的文件
-h :人性化显示﹐按照我们习惯的显示文件大小
-i :显示文件的i节点号
-l:长格式显示
pwd 命令是查询当前所在的目录的绝对路径
选项：
-L （默认值）打印环境变量"$PWD"的值，可能为符号链接。
-P 打印当前工作目录的物理位置。
mkdir 是创建目录的命令
选项：
-Z：设置安全上下文，当使用SELinux时有效；
-m或--mode：建立目录的同时设置目录的权限；
-p或--parents：若所要建立目录的上层目录目前尚未建立，则会一并建立上层目录；
rmdir 是删除空目录的命令
-p： 递归删除目录
touch 是 创建空文件或修改文件的时间戳
[root@localhost ~]# touch [选项] 文件名
-a：或--time=atime或--time=access或--time=use 只更改存取时间；
-c：或--no-create 不建立任何文件；
-d：时间日期 使用指定的日期时间，而非现在的时间；
-f：此参数将忽略不予处理，仅负责解决BSD版本touch指令的兼容性问题；
-m：或--time=mtime或--time=modify 只更该变动时间；
-r：参考文件或目录 把指定文件或目录的日期时间，统统设成和参考文件或目录的日期时间相同；
-t：日期时间 使用指定的日期时间，而非现在的时间；
--help：在线帮助；
--version：显示版本信息。
stat 是查看文件详细信息的命令，而且可以看到文件的这三个时间戳
选项：
-L：支持符号连接；
-f：显示文件系统状态而非文件状态；
-t：以简洁方式输出信息；
cat 命令用来查看文件内容
选项：
-A： 相当于-vET 选项的整合，用于列出所有隐藏符号
-E： 列出每行结尾的回车符$
-n： 显示行号
-T： 把 Tab 键用^I显示出来
-v： 列出特殊字符
more 是分屏显示文件的命令
less 是分行显示文件的命令
用less命令显示文件时，用PageUp键向上翻页，用PageDown键向下翻页。要退出less程序，应按Q键。
选项：
-e：文件内容显示完毕后，自动退出；
-f：强制显示文件；
-g：不加亮显示搜索到的所有关键词，仅显示当前显示的关键字，以提高显示速度；
-l：搜索时忽略大小写的差异；
-N：每一行行首显示行号；
-s：将连续多个空行压缩成一行显示；
-S：在单行显示较长的内容，而不换行显示；
-x数字：将TAB字符显示为指定个数的空格字符。
head 是用来显示文件开头的命令
选项：
-c --bytes=[-]NUM 显示前NUM字节；如果NUM前有"-"，那么会打印除了文件末尾的NUM字节以外的其他内容。
-n, --lines=[-]NUM 显示前NUM行而不是默认的10行；如果NUM前有"-"，那么会打印除了文件末尾的NUM行以外的其他行。
-q, --quiet, --silent 不打印文件名行。
-v, --verbose 总是打印文件名行。
-z, --zero-terminated 行终止符为NUL而不是换行符。
tail 是用来显示文件末尾的命令
选项：
-c, --bytes=NUM 输出文件尾部的NUM（NUM为整数）个字节内容。
-f, --follow[={name|descript}] 显示文件最新追加的内容。“name”表示以文件名的方式监视文件的变化。
-F 与 “--follow=name --retry” 功能相同。
-n, --line=NUM 输出文件的尾部NUM（NUM位数字）行内容。
--pid=进程号 与“-f”选项连用，当指定的进程号的进程终止后，自动退出tail命令。
-q, --quiet, --silent 当有多个文件参数时，不输出各个文件名。
--retry 即是在tail命令启动时，文件不可访问或者文件稍后变得不可访问，都始终尝试打开文件。使用此选项时需要与选项“--follow=name”连用。
-s, --sleep-interal=秒数 与“-f”选项连用，指定监视文件变化时间隔的秒数。
-v, --verbose 当有多个文件参数时，总是输出各个文件名。
ln 是用来为文件创建链接的命令
[root@localhost ~]# ln [选项] 源文件 目标文件
选项：
-s： 建立软链接文件。如果不加“-s”选项，则建立硬链接文件
-f： 强制。如果目标文件已经存在，则删除目标文件后再建立链接文件
-d, -F, --directory 创建指向目录的硬链接(只适用于超级用户)
-f, --force 强行删除任何已存在的目标文件
-i, --interactive 覆盖既有文件之前先询问用户
-L, --logical 取消引用作为软链接的目标
-n, --no-dereference 把软链接的目的目录视为一般文件
-P, --physical 直接将硬链接到软链接
-r, --relative 创建相对于链接位置的软链接
-s, --symbolic 对源文件建立软链接
硬链接特征：
源文件和硬链接文件拥有相同的 Inode 和 Block
修改任意一个文件，另一个都改变
删除任意一个文件，另一个都能使用
硬链接标记不清，很难确认硬链接文件位置，不建议使用
硬链接不能链接目录
硬链接不能跨分区
软链接特征：
软链接和源文件拥有不同的 Inode 和 Block
两个文件修改任意一个，另一个都改变
删除软链接，源文件不受影响；删除源文件，软链接不能使用
软链接没有实际数据，只保存源文件的 Inode，不论源文件多大，软链接大小不变
软链接的权限是最大权限 lrwxrwxrwx.，但是由于没有实际数据，最终访问时需要参考源文
件权限
软链接可以链接目录
软链接可以跨分区
软链接特征明显，建议使用软连接
rm 是强大的删除命令，不仅可以删除文件，也可以删除目录
[root@localhost ~]# rm [选项] 文件或目录
选项：
d：直接把欲删除的目录的硬连接数据删除成0，删除该目录；
-f：强制删除文件或目录；
-i：删除已有文件或目录之前先询问用户；
-r：递归处理，将指定目录下的所有文件与子目录一并处理；
--preserve-root：不对根目录进行递归操作；
-v：显示指令的详细执行过程。
cp 是文件或目录用于复制的命令
[root@localhost ~]# cp [选项] 源文件 目标文件
选项：
-a：此参数的效果和同时指定"-dpR"参数相同；
-d：当复制软链接时，把目标文件或目录也建立为软链接，并指向与源文件或目录连接的原始文件或目录；
-f：强行复制文件或目录，不论目标文件或目录是否已存在；
-i：覆盖既有文件之前先询问用户；
-l：对源文件建立硬连接，而非复制文件；
-p：保留源文件或目录的属性；
-r：递归处理，将指定目录下的所有文件与子目录一并处理；
-s：对源文件建立软链接，而非复制文件；
-u：使用这项参数后只会在源文件的更改时间较目标文件更新时或是名称相互对应的目标文件并不存在时，才复制文件；
-S：在备份文件时，用指定的后缀“SUFFIX”代替文件的默认后缀；
-b：覆盖已存在的文件目标前将目标文件备份；
-v：详细显示命令执行的操作。
mv 是用来对文件或目录重新命名，或者将文件移动至其他目录
[root@localhost ~]# mv [选项] 源文件 目标文件
选项：
-b：当文件存在时，覆盖前，为其创建一个备份；
-f：若目标文件或目录与现有的文件或目录重复，则直接覆盖现有的文件或目录；
-i：交互式操作，覆盖前先行询问用户，如果源文件与目标文件或目标目录中的文件同名，则询问用户是否覆盖目标文件。用户输入”y”，表示将覆盖目标文件；输入”n”，表示取消对源文件的移动。这样可以避免误将文件覆盖。
--strip-trailing-slashes：删除源文件中的斜杠“ / ”；
-S后缀：为备份文件指定后缀，而不使用默认的后缀；
--target-directory=目录：指定源文件要移动到目标目录；
-u：当源文件比目标文件新或者目标文件不存在时，才执行移动操作。
[root@localhost ~]# ls -l install.log
-rw-r--r--. 1 root root 24772 1 月 14 18:17 install.log
第一列的权限位如果不计算最后的“.”，则共有 10 位。
第 2～4 位代表文件所有者的权限。
chmod 用来变更文件或目录的权限
[root@localhost ~]# chmod [选项] 权限模式 文件名
选项：
-c, --changes：当文件的权限更改时输出操作信息。
--no-preserve-root：不将'/'特殊化处理，默认选项。
--preserve-root：不能在根目录下递归操作。
-f, --silent, --quiet：抑制多数错误消息的输出。
-v, --verbose：无论文件是否更改了权限，一律输出操作信息。
--reference=RFILE：使用参考文件或参考目录RFILE的权限来设置目标文件或目录的权限。
-R, --recursive：对目录以及目录下的文件递归执行更改权限操作。
用户身份
首先，读、写、执行权限对文件和目录的作用是不同的。
目录的可用权限其实只有以下几个。
chown 是修改文件和目录的所有者和所属组的命令
[root@localhost ~]# chown [选项] 所有者:所属组 文件或目录
选项：
-c或——changes：效果类似“-v”参数，但仅回报更改的部分；
-f或--quite或——silent：不显示错误信息；
-h或--no-dereference：只对软链接的文件作修改，而不更改其他任何相关文件；
-R或——recursive：递归处理，将指定目录下的所有文件及子目录一并处理；
-v或——version：显示指令执行过程；
--reference=参考文件或目录：把指定文件或目录的拥有者与所属群组全部设成和参考文件或目录的拥有者与所属群组相同；
普通用户不能修改文件的所有者，哪怕自己是这个文件的所有者也不行
普通用户可以修改所有者是自己的文件的权限
chgrp 是修改文件和目录的所属组的命令
[root@phato ~]# chgrp [选项] 所属组 文件或目录
-R 递归式地改变指定目录及其下的所有子目录和文件的所属的组
-c或——changes：效果类似“-v”参数，但仅回报更改的部分；
-f或--quiet或——silent：不显示错误信息；
-h或--no-dereference：只对符号连接的文件作修改，而不是该其他任何相关文件；
-H如果命令行参数是一个通到目录的软链接，则遍历软链接
-R或——recursive：递归处理，将指令目录下的所有文件及子目录一并处理；
-L：遍历每一个遇到的通到目录的软链接
-P：不遍历任何符号链接（默认）
-v或——verbose：显示指令执行过程；
--reference=参考文件或目录：把指定文件或目录的所属群组全部设成和参考文件或目录的所属群组相同；
umask 是显示或设置创建文件的权限掩码。我们需要先了解一下新建文件和目录的默认最大权限。
我们在这里按照权限字母来讲解 umask 权限的计算方法。我们就按照默认的 umask 值是 022来分别计算一下新建文件和目录的默认权限吧。