程序加密？你说的是代码加密还是数据加密。我都说一下吧。
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Java代码加密：
这点因为Java是开源的，想达到完全加密，基本是不可能的，因为在反编译的时候，虽然反编译回来的时候可能不是您原来的代码，但是意思是接近的，所以是不行的。
那么怎么增加反编译的难度（阅读难度），那么可以采用多层继承（实现）方式来解决，这样即使反编译出来的代码，可读性太差，复用性太差了。
Java数据加密：
我们一般用校验性加密，常用的是MD5，优点是速度快，数据占用空间小。缺点是不可逆，所以我们一般用来校验数据有没有被改动等。
需要可逆，可以选用base64，Unicode，缺点是没有密钥，安全性不高。
而我们需要可逆而且采用安全的方式是：对称加密和非堆成加密，我们常用的有AES、DES等单密钥和双密钥的方式。而且是各种语言通用的。
全部手动敲字，望采纳，下面是我用Javascript方式做的一系列在线加密/解密工具：
这个一般没有统一的标准，教材有不同的版本一样。
我做过这个，记得很清楚
加密方式1：Conye加密方法
加密方式2：WeiffbYfds方法
就是这样了，不懂追问哈，嘻嘻。
可以使用加密锁硬件对java进行加密，可以通过加壳的形式防止代码被反编译，也可以在Java代码中进行开发，硬件加密安全性唯一性更高。可以试试ROCKEY系列加密锁，价格也不贵，加密简单。
Java基本的单向加密算法：
1.BASE64 严格地说，属于编码格式，而非加密算法
2.MD5(Message Digest algorithm 5，信息摘要算法)
3.SHA(Secure Hash Algorithm，安全散列算法)
4.HMAC(Hash Message Authentication Code，散列消息鉴别码)
按 照RFC2045的定义，Base64被定义为：Base64内容传送编码被设计用来把任意序列的8位字节描述为一种不易被人直接识别的形式。（The Base64 Content-Transfer-Encoding is designed to represent arbitrary sequences of octets in a form that need not be humanly readable.）
常见于邮件、http加密，截取http信息，你就会发现登录操作的用户名、密码字段通过BASE64加密的。
主要就是BASE64Encoder、BASE64Decoder两个类，我们只需要知道使用对应的方法即可。另，BASE加密后产生的字节位数是8的倍数，如果不够位数以=符号填充。
MD5
MD5 -- message-digest algorithm 5 （信息-摘要算法）缩写，广泛用于加密和解密技术，常用于文件校验。校验？不管文件多大，经过MD5后都能生成唯一的MD5值。好比现在的ISO校验，都 是MD5校验。怎么用？当然是把ISO经过MD5后产生MD5的值。一般下载linux-ISO的朋友都见过下载链接旁边放着MD5的串。就是用来验证文 件是否一致的。
HMAC
HMAC(Hash Message Authentication Code，散列消息鉴别码，基于密钥的Hash算法的认证协议。消息鉴别码实现鉴别的原理是，用公开函数和密钥产生一个固定长度的值作为认证标识，用这个 标识鉴别消息的完整性。使用一个密钥生成一个固定大小的小数据块，即MAC，并将其加入到消息中，然后传输。接收方利用与发送方共享的密钥进行鉴别认证 等。