在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
Linux运维人员必会的120个命令
来自《跟老男孩学Linux运维：核心系统命令实战》一书
前言
第1章 Linux命令行简介 / 1
1.1Linux命令行概述 / 1
1.2在Linux命令行下查看命令帮助 / 4
1.3Linux shutdown reboot halt / 9
关机：
shutdown -h now
halt
init 0
第2章 文件和目录操作命令 / 13
2.1pwd：显示当前所在的位置 / 13
2.2cd：切换目录 / 16
2.3tree：以树形结构显示目录下的内容 / 18
2.4mkdir：创建目录 / 22
2.5touch：创建空文件或改变文件的时间戳属性 / 27
2.6ls：显示目录下的内容及相关属性信息 / 30
2.7cp：复制文件或目录 / 39
2.8mv：移动或重命名文件 / 42
2.9rm：删除文件或目录 / 45
2.10rmdir：删除空目录 / 48
2.11ln：硬链接与软链接 / 49
2.12readlink：查看符号链接文件的内容 / 54
2.13find：查找目录下的文件 / 55
2.14xargs：将标准输入转换成命令行参数 / 68
2.15rename：重命名文件 / 71
2.16basename：显示文件名或目录名 / 72
2.17dirname：显示文件或目录路径 / 72
2.18chattr：改变文件的扩展属性 / 73
2.19lsattr：查看文件扩展属性 / 75
2.20file：显示文件的类型 / 76
2.21md5sum：计算和校验文件的MD5值 / 77
2.22chown：改变文件或目录的用户和用户组 / 80
2.23chmod：改变文件或目录权限 / 81
2.24chgrp：更改文件用户组 / 85
2.25umask：显示或设置权限掩码 / 86
2.26老男孩从新手成为技术大牛的心法 / 90
第3章 文件过滤及内容编辑处理命令 / 91
3.1cat：合并文件或查看文件内容 / 91
3.2tac：反向显示文件内容 / 103
3.3more：分页显示文件内容 / 104
3.4less：分页显示文件内容 / 107
3.5head：显示文件内容头部 / 109
3.6tail：显示文件内容尾部 / 111
3.7tailf：跟踪日志文件 / 114
3.8cut：从文本中提取一段文字并输出 / 115
3.9split：分割文件 / 117
3.10paste：合并文件 / 118
3.11sort：文本排序 / 123
3.12join：按两个文件的相同字段合并 / 127
3.13uniq：去除重复行 / 129
3.14wc：统计文件的行数、单词数或字节数 / 131
3.15iconv：转换文件的编码格式 / 133
3.16dos2unix：将DOS格式文件转换成UNIX格式 / 134
3.17diff：比较两个文件的不同 / 135
3.18vimdiff：可视化比较工具 / 138
3.19rev：反向输出文件内容 / 139
3.20tr：替换或删除字符 / 140
3.21od：按不同进制显示文件 / 143
3.22tee：多重定向 / 145
3.23vi/vim：纯文本编辑器 / 147
3.24老男孩逆袭思想：做Linux运维的多个好处 / 152
第4章 文本处理三剑客 / 153
4.1grep：文本过滤工具 / 153
4.2sed：字符流编辑器 / 159
4.3awk基础入门 / 165
第5章 Linux信息显示与搜索文件命令 / 176
5.1uname：显示系统信息 / 176
5.2hostname：显示或设置系统的主机名 / 178
5.3dmesg：系统启动异常诊断 / 179
5.4stat：显示文件或文件系统状态 / 181
5.5du：统计磁盘空间使用情况 / 183
5.6date：显示与设置系统时间 / 186
5.7echo：显示一行文本 / 190
5.8watch：监视命令执行情况 / 193
5.9which：显示命令的全路径 / 195
5.10whereis：显示命令及其相关文件全路径 / 196
5.11locate：快速定位文件路径 / 197
5.12updatedb：更新mlocate数据库 / 199
5.13老男孩逆袭思想：新手在工作中如何问问题不会被鄙视 / 200
第6章 文件备份与压缩命令 / 201
6.1tar：打包备份 / 201
6.2gzip：压缩或解压文件 / 208
6.3zip：打包和压缩文件 / 211
6.4unzip：解压zip文件 / 212
6.5scp：远程文件复制 / 214
6.6rsync：文件同步工具 / 216
6.7老男孩逆袭思想：新手如何高效地提问 / 220
第7章 Linux用户管理及用户信息查询命令 / 222
7.1 useradd：创建用户 / 222
7.2usermod：修改用户信息 / 227
7.3userdel：删除用户 / 229
7.4groupadd：创建新的用户组 / 230
7.5groupdel：删除用户组 / 231
7.6passwd：修改用户密码 / 232
7.7chage:修改用户密码有效期 / 237
7.8chpasswd：批量更新用户密码 / 238
7.9su：切换用户 / 240
7.10visudo：编辑sudoers文件 / 242
7.11sudo：以另一个用户身份执行命令 / 244
7.12id：显示用户与用户组的信息 / 248
7.13w：显示已登录用户信息 / 249
7.14who：显示已登录用户信息 / 250
7.15users：显示已登录用户 / 252
7.16whoami：显示当前登录的用户名 / 253
7.17last：显示用户登录列表 / 253
7.18lastb：显示用户登录失败的记录 / 254
7.19lastlog：显示所有用户的最近登录记录 / 255
第8章 Linux磁盘与文件系统管理命令 / 257
8.1fdisk：磁盘分区工具 / 257
8.2partprobe：更新内核的硬盘分区表信息 / 265
8.3tune2fs：调整ext2/ext3/ext4文件系统参数 / 266
8.4parted：磁盘分区工具 / 268
8.5mkfs：创建Linux文件系统 / 272
8.6dumpe2fs：导出ext2/ext3/ext4文件系统信息 / 274
8.7resize2fs：调整ext2/ext3/ext4文件系统大小 / 275
8.8fsck：检查并修复Linux文件系统 / 278
8.9dd：转换或复制文件 / 281
8.10mount：挂载文件系统 / 284
8.11umount：卸载文件系统 / 288
8.12df：报告文件系统磁盘空间的使用情况 / 289
8.13mkswap：创建交换分区 / 293
8.14swapon：激活交换分区 / 294
8.15swapoff：关闭交换分区 / 295
8.16sync：刷新文件系统缓冲区 / 296
第9章 Linux进程管理命令 / 298
9.1ps：查看进程 / 298
9.2pstree：显示进程状态树 / 305
9.3pgrep：查找匹配条件的进程 / 306
9.4kill：终止进程 / 307
9.5killall：通过进程名终止进程 / 310
9.6pkill：通过进程名终止进程 / 311
9.7top：实时显示系统中各个进程的资源占用状况 / 313
9.8nice：调整程序运行时的优先级 / 320
9.9renice：调整运行中的进程的优先级 / 323
9.10nohup：用户退出系统进程继续工作 / 324
9.11strace：跟踪进程的系统调用 / 325
9.12ltrace：跟踪进程调用库函数 / 332
9.13runlevel：输出当前运行级别 / 334
9.14init：初始化Linux进程 / 335
9.15service：管理系统服务 / 335
第10章 Linux网络管理命令 / 338
10.1ifconfig：配置或显示网络接口信息 / 338
10.2ifup：激活网络接口 / 343
ifup eth0
10.3ifdown：禁用网络接口 / 343
ifdown eth0
service network restart（/etc/init.d/network restart） 激活整个网络，所有网卡。
10.4route：显示或管理路由表 / 344
10.5arp：管理系统的arp缓存 / 350
10.6ip：网络配置工具 / 351
10.7netstat：查看网络状态 / 358
10.8ss：查看网络状态 / 362
10.9ping：测试主机之间网络的连通性 / 363
10.10traceroute：追踪数据传输路由状况 / 366
10.11arping：发送arp请求 / 367
10.12telnet：远程登录主机 / 369
10.13nc：多功能网络工具 / 370
10.14ssh：安全地远程登录主机 / 373
10.15wget：命令行下载工具 / 376
10.16mailq：显示邮件传输队列 / 379
10.17mail：发送和接收邮件 / 381
10.18nslookup：域名查询工具 / 386
10.19dig：域名查询工具 / 389
10.20host：域名查询工具 / 393
10.21nmap：网络探测工具和安全/端口扫描器 / 394
10.22tcpdump：监听网络流量 / 398
第11章 Linux系统管理命令 / 407
11.1lsof：查看进程打开的文件 / 407
11.2uptime：显示系统的运行时间及负载 / 411
11.3free：查看系统内存信息 / 411
11.4iftop：动态显示网络接口流量信息 / 413
11.5vmstat：虚拟内存统计 / 415
11.6mpstat：CPU信息统计 / 419
11.7iostat：I/O信息统计 / 420
11.8iotop：动态显示磁盘I/O统计信息 / 423
11.9sar：收集系统信息 / 425
11.10chkconfig：管理开机服务 / 430
11.11ntsysv：管理开机服务 / 433
11.12 setup：系统管理工具 / 434
11.13ethtool：查询网卡参数 / 436
11.14mii-tool：管理网络接口的状态 / 437
11.19rpm：RPM包管理器 / 443
11.20yum：自动化RPM包管理工具 / 446
top命令
第12章 Linux系统常用内置命令 / 450
12.1Linux内置命令概述 / 450
12.2Linux内置命令简介 / 450
12.3Linux常用内置命令实例 / 452
1、目录切换命令
cd usr/ 切换到该目录下usr目录
cd ../ 切换到上一层目录
cd /切换到系统根目录
cd ~ 切换到用户主目录
2、目录操作命令
（1）增加目录
命令：mkdir 目录名称
（2）查看目录
ls [-al] 父目录 ls -l 可以缩写成ll
（3）寻找目录
find 目录 参数（重点）
注意这里涉及权限问题，需要先切换到root目录 su root
（4）修改目录名称
mv 目录名称 新目录名称
（5）拷贝目录
cp -r 被目录名称 目录拷贝的目标位置 -----r代表 递归拷贝
将/usr下的newTest拷贝到根目录下的test中，使用cp -r /usr/newTest test/rm
（6）删除目录
rm [-rf] 目录
删除/usr下的newTest，进入/usr下使用rm -r newTest
3、文件操作命令
（1）文件创建 touch 文件名称 ----- 空文件
（2）文件查看 cat/more/less/tail 文件
（3）修改文件内容 vim 文件
vim 文件------进入文件-----命令模式------按i进入编 辑模式-----编辑文件 -------按Esc进入底行模式----- 输入:wq/q!
（4）删除文件
熟记 rm -rf 文件 即可
4、压缩文件操作命令
（1）tar -zcvf 打包压缩后的文件名 要打包压缩的文件
z：调用gzip压缩命令进行压缩
c：打包文件
v：显示运行过程
f：指定文件名
（2） 解压压缩包（重点）
tar [-xvf] 压缩文件
5、其他命令
（1）显示当前所在位置 pwd
（2）搜索命令 grep 要搜索的字符串 要搜索的文件
（3）管道命令 | 将前一个命令的输出作为本次目录的 输入
（4）查看进程 ps -ef
（5）网络通信命令 查看当前系统的网卡信息：ifconfig
查看与某台机器的连接情况：ping
（6）查看当前系统的端口使用 netstat –an,通常和 | grep一起使用
6、Linux的权限命令
在随意某个目录下ls -l 查看某个目录下的文件或目录 的权限 rwx 读取权 写入权 执行权
这个字符串有10位，可以分为4段来解读
第一段(第1位)表示是目录还是文件，-表示是文件，d表示是目录；
第二段(第2-4位，共3个字符串)表示文件所属用户对它的权限 - 属主权限（User）；
第三段(第5-7位，共3个字符串)表示文件所属用户组用户对它的权限 - 属组权限（Group）；
第四段(第8-10位，共3个字符串)表示其他用户对它的权限 - 其他权限（other）；
注意：①我们用3位8进制来表示文件的权限，r(read)用4标识，w(write)用2标识，x(excute)用1标识
②r–可读，w–可写，x–可执行。
③每一段的三位顺序不可变，如果没有对应的权限，则使用-表示
上图中的-rwxrw-r–可以用八进制数字764表示。
！！！！修改文件/目录的权限的命令：chmod
chmod u=rwx,g=rw,o=r aaa.txt 或者777 代表全部权限
7、 free查看内存信息
df -h 命令用于显示目前在 Linux 系统上的文件系统磁盘使用情况统计
8、top查看资源信息（CPU）
top
补充：
关机命令
reboot 重新启动操作系统
shutdown -h now 立刻关机，其中now相当于时间为0的状态
shutdown -h 10：23
shutdown -h +10 系统再过十分钟后自动关机
Linux命令
目录操作
cd usr/ 切换到该目录下usr目录
cd .. 切换到上一层目录
cd / 切换到系统根目录
mkdir 目录名称 创建目录
ls 目录名称 查询该目录下所有的目录和文件
ls [-a] 目录名称 查询该目录下所有的目录和文件,包含隐藏文件
ls [-l] 目录名称 查询该目录下所有的目录和文件的详细信息
find / -name 目录名称 查找/root下的目录(文件)
mv 目录名称 新目录名称 修改目录名称
mv 目录名称 目录的新位置 剪切
cp -r 目录名称 目录的目标位置 拷贝
rm -rf 目录 强制删除目录
文件操作
touch 文件名称 创建空文件
cat/more/less/tail 文件 查看文件内容
tail -f 文件 动态查看/实时查看文件(日志)
grep 要搜索的字符串 要搜索的文件 关键字搜索
vi/vim 文件 修改文件内容
rm -rf 文件 强制删除文件
文件的打包
tar -zcvf 文件名.tar 要打包的文件
文件的解压
tar -xvf 文件名.tar
扩充:将文件解压到固定位置
tar -xvf 文件名.tar -C 指定解压的位置
查询当前所在位置
pwd
查看进程
ps -ef | grep 进程名称(tomcat/mysql)
杀死进程
kill -9 进程pid
查看端口号
netstat -an | grep 端口号(3306)
查看服务器ip
ifconfig
查看网络是否能正常使用
ping 外网地址 查看是否能访问外网
ping 内网ip 查看是否能访问内网
权限命令
chmod 777 文件 赋权
查看cpu
top
查看磁盘信息
df -h
查看内存信息
free
关机命令
shutdown -h now 立刻关机，其中now相当于时间为0的状态
shutdown -h 10：23
shutdown -h +10 系统再过十分钟后自动关机
重新启动
reboot 重新启动操作系统
top命令是Linux下常用的性能分析工具，能够实时显示系统中各个进程的资源占用状况
iostat工具将对系统的磁盘操作活动进行监视。它的特点是汇报磁盘活动统计情况，同时也会汇报出CPU使用情况。
Netstat 命令用于显示各种网络相关信息，如网络连接，路由表，接口状态 (Interface Statistics)，masquerade 连接，多播成员 (Multicast Memberships) 等等。
Linux df（英文全拼：disk free） 命令用于显示目前在 Linux 系统上的文件系统磁盘使用情况统计。
find命令用来在指定目录下查找文件。任何位于参数之前的字符串都将被视为欲查找的目录名。如果使用该命令时，不设置任何参数，则 find 命令将在当前目录下查找子目录与文件。并且将查找到的子目录和文件全部进行显示。
crontab是用来定期执行程序的命令。