Linux系统中的命令实在是太多了，简单包括两类命令，一类是内部命令，指的是Shell自身提供的功能，一类是外部命令，指的是第三方的控制台应用程序。
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一般来说，没必要完全学习所有的命令，大体上有个印象，用到的时候去查一下帮助文档，久而久之，自然熟练。
下面是网友整理的20个最常用的Linux命令：
1. ls命令
ls命令是列出目录内容(List Directory Contents)的意思。运行它就是列出文件夹里的内容，可能是文件也可能是文件夹。
2. lsblk命令
"lsblk"就是列出块设备。除了RAM外，以标准的树状输出格式，整齐地显示块设备。
3. md5sum命令
“md5sum”就是计算和检验MD5信息签名。md5 checksum(通常叫做哈希)使用匹配或者验证文件的文件的完整性，因为文件可能因为传输错误，磁盘错误或者无恶意的干扰等原因而发生改变。
4. dd命令
“dd”命令代表了转换和复制文件。可以用来转换和复制文件，大多数时间是用来复制iso文件(或任何其它文件)到一个usb设备(或任何其它地方)中去，所以可以用来制作USB启动器。
6. history命令
“history”命令就是历史记录。它显示了在终端中所执行过的所有命令的历史。
7. sudo命令
“sudo”(super user do)命令允许授权用户执行超级用户或者其它用户的命令。通过在sudoers列表的安全策略来指定。
8. mkdir命令
“mkdir”(Make directory)命令在命名路径下创建新的目录。然而如果目录已经存在了，那么它就会返回一个错误信息"不能创建文件夹，文件夹已经存在了"("cannot create folder, folder already exists")
9. touch 命令
“touch”命令代表了将文件的访问和修改时间更新为当前时间。touch命令只会在文件不存在的时候才会创建它。如果文件已经存在了，它会更新时间戳，但是并不会改变文件的内容。
10. chmod 命令
“chmod”命令就是改变文件的模式位。chmod会根据要求的模式来改变每个所给的文件，文件夹，脚本等等的文件模式（权限）。
11. chown命令
“chown”命令就是改变文件拥有者和所在用户组。每个文件都属于一个用户组和一个用户。在你的目录下，使用"ls -l",你就会看到像这样的东西。
12. apt命令
Debian系列以“apt”命令为基础，“apt”代表了Advanced Package Tool。APT是一个为Debian系列系统（Ubuntu，Kubuntu等等）开发的高级包管理器，在Gnu/Linux系统上，它会为包自动地，智能地搜索，安装，升级以及解决依赖。
13. tar命令
“tar”命令是磁带归档(Tape Archive)，对创建一些文件的的归档和它们的解压很有用。
14. cal 命令
“cal”（Calender），它用来显示当前月份或者未来或者过去任何年份中的月份。
16. cat命令
“cat”代表了连结（Concatenation），连接两个或者更多文本文件或者以标准输出形式打印文件的内容。
17. cp 命令
“copy”就是复制。它会从一个地方复制一个文件到另外一个地方。
18. mv 命令
“mv”命令将一个地方的文件移动到另外一个地方去。
19. pwd 命令
“pwd”（print working directory），在终端中显示当前工作目录的全路径。
20. cd 命令
最后，经常使用的“cd”命令代表了改变目录。它在终端中改变工作目录来执行，复制，移动，读，写等等操作。
uname -a
2. cat /proc/version
3. cat /etc/issue
4. lsb_release -a
详解 lsb_release -a
1. 登录到服务器执行 lsb_release -a ，即可列出所有版本信息，例如：
1. [root@3.5.5Biz-46 ~]# lsb_release -a
2. LSB Version: 1.3
3. Distributor ID: RedHatEnterpriseAS
4. Description: Red Hat Enterprise Linux AS release 4 (Nahant Update 1)
5. Release: 4
6. Codename: NahantUpdate1
7. [root@3.5.5Biz-46 ~]#
这个命令适用于所有的linux，包括Redhat、SuSE、Debian等发行版
在每个用户的家目录里，看文本命令很多，如： cat \ more \ less \ vi 等等这些命令都可以看某个用户的 .bash_history 文件。
例：# more ~user/.bash_history 看 user 用户的历史命令，但是你要访问的权限才行。
忘说了，看的是上次的历史命令 :em02:
查看系统之前的命令是。hisotry。
history主要是将之前所执行的命令存放起来，但是如果要找到当前系统执行的第一条命令，估计在命令上实现不了。1,可以选择之前命令执行了多少，然后看看history的标号可以找出来。2,也可以创建一个脚本，将之前的命令保存起来，然后在登出初始化的时候将本次系统的命令记录clear一下。每次登录的系统第一条命令就是history下标号为1的命令了。
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history