在window下，如需在cmd命令行中输入窗口中运行某一程序，则需要进入到该程序所在目录才可以直接运行该程序。如果需要在不进入该目录下就运行程序的话，则需要在安装完改程序后，设置环境变量，将bin目录添加到系统环境变量中。即想要在终端运行程序，必须要程序所在的绝对路径或相对路径，以告诉终端我想要运行的程序在哪里。
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在Linux中，.字符表示工作目录，斜杠/则是路径分隔符，用于工作目录和文件名。由于SRAtoolkits为非安装软件，解压即可用，解压后其bin文件下的程序并不包含在Linux系统的环境（$PATH）。Linux系统在不指定路径的情况下运行程序时会只搜索环境变量$PATH，而在指定了路径的情况下，则搜索指定路径。这就是为何会造成上述问题的原因。
环境变量（$PATH）：决定了shell将到哪些目录中寻找命令或程序，$PATH的值是一系列目录，当你运行一个程序时，Linux 在这些目录下进行搜索。
运行echo $PATH命令，即可查看到当前所有环境变量的值。
可以通过which ls查看某一命令的bin目录的具体路径。
如果在路径名中存在 ./ 字符，那么就不搜索\ $PATH。
如果 ./ 不在路径名中，那么只在 $PATH 中搜索。
参考Linux-配置环境变量 ()。
~ 表示主目录，也就是当前登录用户的用户目录。例如，我的拥护名是shpc，则 ~ 表示/home/shpc
/是指根目录：就是所有目录最顶层的目录。
./表示当前目录，./一般需要和其他文件夹或者文件结合使用，指代当前目录下的东西。
..表示上级目录，../ 指代上级目录下的东西。
Linux 终端中可以通过ctrl + shift + c 来进行复制和ctrl + shift + v来黏贴（在window下ctrl + c 复制的内容来到Linux终端后也可以ctrl + shift + v来黏贴到指定位置。）
命令前不能加#号。
提示符那里最后一个字符如果是#号，表示是root用户，如果是$号表示普通用户。
./表示当前目录，这是因为linux的默认搜索目录里没有当前目录，所以如果你在当前目录需要执行程序就要加上路径,./用全路径代替也是可以的。
win/dos的默认搜索路径里有当前目录，所以不需要加。其实加上也是一样的效果。