首先你要在你的电脑上安装jdk。你可以在后面链接地址下载适合你自己的版本（），如果这个链接过期了，请在这个首先找一找。
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在你的电脑上配置java环境变量，主要是配置path和classpath。你可以百度java环境变量配置，可以找到很多java环境变量配置方法。配置完毕，可以在cmd窗口下用java -version来查看是否配置成功。如果显示出java版本相关的信息表示配置成功，可以进行下一步了。
编译你的源代码，cmd窗口下把路径改变（cd）到你源代码文件所在的路径，然后用javac 源文件名编译，例如javac Hello.java（需要注意的是源文件名需要是你文件public类的类名，如果你的文件有public类的话）。当然你也可以不改变（cd）到源文件所在的路径，你的文件就需要加上绝对路径就可以了。例如：javac e:\src\Hello.java.
运行你编译好的文件，java Hello（需要注意运行的时候没有后缀.java或者.class），同样你可以不改变路径用绝对路径运行，例如：java e:\src\Hello.如果你的代码中有窗口这样的类似的图形化界面，你就需要用javaw来运行。
另外，你可以使用eclipse，NetBeans这样的集成开发环境（IDE）来写代码，这样方便很多。
你说的java源代码是指编译成的class文件前的java文件。
当我们运行.java文件时，它会被系统编译成.class文件，例如Test.java编译之后就是Test.class，
源文件就是指Test.java文件，
一般部署项目时，有.class文件就可以发布运行了，但是如果想修改这个系统，.class是不能修改的，要有.java文件才能修改
也可以上网去下反编译软件，就是能把.class文件大部分还原成.java文件的工具，但不是100%还原，而且如果不是正版的，小心有毒啊，什么的。
这种功能一本不用JAVA写，因为他要和系统的本地资源打交道。
你可以使用VC、VB、delphi这类原生开发工具做。
也可以使用C#来写。