在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
Linux运维人员必会的120个命令
来自《跟老男孩学Linux运维：核心系统命令实战》一书
前言
第1章 Linux命令行简介 / 1
1.1Linux命令行概述 / 1
1.2在Linux命令行下查看命令帮助 / 4
1.3Linux shutdown reboot halt / 9
关机：
shutdown -h now
halt
init 0
第2章 文件和目录操作命令 / 13
2.1pwd：显示当前所在的位置 / 13
2.2cd：切换目录 / 16
2.3tree：以树形结构显示目录下的内容 / 18
2.4mkdir：创建目录 / 22
2.5touch：创建空文件或改变文件的时间戳属性 / 27
2.6ls：显示目录下的内容及相关属性信息 / 30
2.7cp：复制文件或目录 / 39
2.8mv：移动或重命名文件 / 42
2.9rm：删除文件或目录 / 45
2.10rmdir：删除空目录 / 48
2.11ln：硬链接与软链接 / 49
2.12readlink：查看符号链接文件的内容 / 54
2.13find：查找目录下的文件 / 55
2.14xargs：将标准输入转换成命令行参数 / 68
2.15rename：重命名文件 / 71
2.16basename：显示文件名或目录名 / 72
2.17dirname：显示文件或目录路径 / 72
2.18chattr：改变文件的扩展属性 / 73
2.19lsattr：查看文件扩展属性 / 75
2.20file：显示文件的类型 / 76
2.21md5sum：计算和校验文件的MD5值 / 77
2.22chown：改变文件或目录的用户和用户组 / 80
2.23chmod：改变文件或目录权限 / 81
2.24chgrp：更改文件用户组 / 85
2.25umask：显示或设置权限掩码 / 86
2.26老男孩从新手成为技术大牛的心法 / 90
第3章 文件过滤及内容编辑处理命令 / 91
3.1cat：合并文件或查看文件内容 / 91
3.2tac：反向显示文件内容 / 103
3.3more：分页显示文件内容 / 104
3.4less：分页显示文件内容 / 107
3.5head：显示文件内容头部 / 109
3.6tail：显示文件内容尾部 / 111
3.7tailf：跟踪日志文件 / 114
3.8cut：从文本中提取一段文字并输出 / 115
3.9split：分割文件 / 117
3.10paste：合并文件 / 118
3.11sort：文本排序 / 123
3.12join：按两个文件的相同字段合并 / 127
3.13uniq：去除重复行 / 129
3.14wc：统计文件的行数、单词数或字节数 / 131
3.15iconv：转换文件的编码格式 / 133
3.16dos2unix：将DOS格式文件转换成UNIX格式 / 134
3.17diff：比较两个文件的不同 / 135
3.18vimdiff：可视化比较工具 / 138
3.19rev：反向输出文件内容 / 139
3.20tr：替换或删除字符 / 140
3.21od：按不同进制显示文件 / 143
3.22tee：多重定向 / 145
3.23vi/vim：纯文本编辑器 / 147
3.24老男孩逆袭思想：做Linux运维的多个好处 / 152
第4章 文本处理三剑客 / 153
4.1grep：文本过滤工具 / 153
4.2sed：字符流编辑器 / 159
4.3awk基础入门 / 165
第5章 Linux信息显示与搜索文件命令 / 176
5.1uname：显示系统信息 / 176
5.2hostname：显示或设置系统的主机名 / 178
5.3dmesg：系统启动异常诊断 / 179
5.4stat：显示文件或文件系统状态 / 181
5.5du：统计磁盘空间使用情况 / 183
5.6date：显示与设置系统时间 / 186
5.7echo：显示一行文本 / 190
5.8watch：监视命令执行情况 / 193
5.9which：显示命令的全路径 / 195
5.10whereis：显示命令及其相关文件全路径 / 196
5.11locate：快速定位文件路径 / 197
5.12updatedb：更新mlocate数据库 / 199
5.13老男孩逆袭思想：新手在工作中如何问问题不会被鄙视 / 200
第6章 文件备份与压缩命令 / 201
6.1tar：打包备份 / 201
6.2gzip：压缩或解压文件 / 208
6.3zip：打包和压缩文件 / 211
6.4unzip：解压zip文件 / 212
6.5scp：远程文件复制 / 214
6.6rsync：文件同步工具 / 216
6.7老男孩逆袭思想：新手如何高效地提问 / 220
第7章 Linux用户管理及用户信息查询命令 / 222
7.1 useradd：创建用户 / 222
7.2usermod：修改用户信息 / 227
7.3userdel：删除用户 / 229
7.4groupadd：创建新的用户组 / 230
7.5groupdel：删除用户组 / 231
7.6passwd：修改用户密码 / 232
7.7chage:修改用户密码有效期 / 237
7.8chpasswd：批量更新用户密码 / 238
7.9su：切换用户 / 240
7.10visudo：编辑sudoers文件 / 242
7.11sudo：以另一个用户身份执行命令 / 244
7.12id：显示用户与用户组的信息 / 248
7.13w：显示已登录用户信息 / 249
7.14who：显示已登录用户信息 / 250
7.15users：显示已登录用户 / 252
7.16whoami：显示当前登录的用户名 / 253
7.17last：显示用户登录列表 / 253
7.18lastb：显示用户登录失败的记录 / 254
7.19lastlog：显示所有用户的最近登录记录 / 255
第8章 Linux磁盘与文件系统管理命令 / 257
8.1fdisk：磁盘分区工具 / 257
8.2partprobe：更新内核的硬盘分区表信息 / 265
8.3tune2fs：调整ext2/ext3/ext4文件系统参数 / 266
8.4parted：磁盘分区工具 / 268
8.5mkfs：创建Linux文件系统 / 272
8.6dumpe2fs：导出ext2/ext3/ext4文件系统信息 / 274
8.7resize2fs：调整ext2/ext3/ext4文件系统大小 / 275
8.8fsck：检查并修复Linux文件系统 / 278
8.9dd：转换或复制文件 / 281
8.10mount：挂载文件系统 / 284
8.11umount：卸载文件系统 / 288
8.12df：报告文件系统磁盘空间的使用情况 / 289
8.13mkswap：创建交换分区 / 293
8.14swapon：激活交换分区 / 294
8.15swapoff：关闭交换分区 / 295
8.16sync：刷新文件系统缓冲区 / 296
第9章 Linux进程管理命令 / 298
9.1ps：查看进程 / 298
9.2pstree：显示进程状态树 / 305
9.3pgrep：查找匹配条件的进程 / 306
9.4kill：终止进程 / 307
9.5killall：通过进程名终止进程 / 310
9.6pkill：通过进程名终止进程 / 311
9.7top：实时显示系统中各个进程的资源占用状况 / 313
9.8nice：调整程序运行时的优先级 / 320
9.9renice：调整运行中的进程的优先级 / 323
9.10nohup：用户退出系统进程继续工作 / 324
9.11strace：跟踪进程的系统调用 / 325
9.12ltrace：跟踪进程调用库函数 / 332
9.13runlevel：输出当前运行级别 / 334
9.14init：初始化Linux进程 / 335
9.15service：管理系统服务 / 335
第10章 Linux网络管理命令 / 338
10.1ifconfig：配置或显示网络接口信息 / 338
10.2ifup：激活网络接口 / 343
ifup eth0
10.3ifdown：禁用网络接口 / 343
ifdown eth0
service network restart（/etc/init.d/network restart） 激活整个网络，所有网卡。
10.4route：显示或管理路由表 / 344
10.5arp：管理系统的arp缓存 / 350
10.6ip：网络配置工具 / 351
10.7netstat：查看网络状态 / 358
10.8ss：查看网络状态 / 362
10.9ping：测试主机之间网络的连通性 / 363
10.10traceroute：追踪数据传输路由状况 / 366
10.11arping：发送arp请求 / 367
10.12telnet：远程登录主机 / 369
10.13nc：多功能网络工具 / 370
10.14ssh：安全地远程登录主机 / 373
10.15wget：命令行下载工具 / 376
10.16mailq：显示邮件传输队列 / 379
10.17mail：发送和接收邮件 / 381
10.18nslookup：域名查询工具 / 386
10.19dig：域名查询工具 / 389
10.20host：域名查询工具 / 393
10.21nmap：网络探测工具和安全/端口扫描器 / 394
10.22tcpdump：监听网络流量 / 398
第11章 Linux系统管理命令 / 407
11.1lsof：查看进程打开的文件 / 407
11.2uptime：显示系统的运行时间及负载 / 411
11.3free：查看系统内存信息 / 411
11.4iftop：动态显示网络接口流量信息 / 413
11.5vmstat：虚拟内存统计 / 415
11.6mpstat：CPU信息统计 / 419
11.7iostat：I/O信息统计 / 420
11.8iotop：动态显示磁盘I/O统计信息 / 423
11.9sar：收集系统信息 / 425
11.10chkconfig：管理开机服务 / 430
11.11ntsysv：管理开机服务 / 433
11.12 setup：系统管理工具 / 434
11.13ethtool：查询网卡参数 / 436
11.14mii-tool：管理网络接口的状态 / 437
11.19rpm：RPM包管理器 / 443
11.20yum：自动化RPM包管理工具 / 446
top命令
第12章 Linux系统常用内置命令 / 450
12.1Linux内置命令概述 / 450
12.2Linux内置命令简介 / 450
12.3Linux常用内置命令实例 / 452
在vim或vi的编辑器中【注： 所有字符均为英文状态下输入】
vim跳转到最后一行
vim跳转至首行
vim显示行号
vim隐藏行号
1、ngg/nG （跳转到文件第n行，无需回车）
2、:n （跳转到文件第n行，需要回车）
3、vim +n filename （在打开文件后，跳转到文件的第n行）
dd：删除游标所在的一整行(常用)
ndd：n为数字。删除光标所在的向下n行，例如20dd则是删除光标所在的向下20行
d1G：删除光标所在到第一行的所有数据
dG：删除光标所在到最后一行的所有数据
d$：删除光标所在处，到该行的最后一个字符
d0：那个是数字0,删除光标所在到该行的最前面的一个字符
x,X：x向后删除一个字符(相当于[del]按键),X向前删除一个字符(相当于[backspace]即退格键)
nx：n为数字，连续向后删除n个字符
1）service network status 查看指定服务的状态
2）service network stop 停止指定服务
3）service network start 启动指定服务
4）service network restart 重启指定服务
5）service --status-all 查看系统中所有的后台服务
1）chkconfig 查看所有服务器自启配置
2）chkconfig iptables off 关掉指定服务的自动启动
3）chkconfig iptables on 开启指定服务的自动启动
[root@bigdata111 ~]# service crond restart （重新启动服务）
1）基本语法
crontab [选项]
选项：
-e： 编辑crontab定时任务
-l： 查询crontab任务
-r： 删除当前用户所有的crontab任务
2）参数说明
[root@bigdata111 ~]# crontab -e
（1）进入crontab编辑界面。会打开vim编辑你的工作。
* * * * * 执行的任务
（2）特殊符号
（3）特定时间执行命令
3）案例：
*/5 * * * * /bin/echo ”11” /tmp/test
*/1 * * * * /bin/echo ”11” /opt/TZ/ITSTAR
RPM包的名称格式
Apache-1.3.23-11.i386.rpm
- “apache” 软件名称
- “1.3.23-11”软件的版本号，主版本和此版本
- “i386”是软件所运行的硬件平台
- “rpm”文件扩展名，代表RPM包
1）基本语法：
rpm -qa （功能描述：查询所安装的所有rpm软件包）
过滤
rpm -qa | grep rpm软件包
2）案例
[root@bigdata111 Packages]# rpm -qa |grep firefox
firefox-45.0.1-1.el6.centos.x86_64
1）基本语法：
（1）rpm -e RPM软件包
或者（2） rpm -e --nodeps 软件包
--nodeps 如果该RPM包的安装依赖其它包，即使其它包没装，也强迫安装。
2）案例
[root@bigdata111 Packages]# rpm -e firefox
1）基本语法：
rpm -ivh RPM包全名
-i=install，安装
-v=verbose，显示详细信息
-h=hash，进度条
--nodeps，不检测依赖进度
2）案例
[root@bigdata111 Packages]# pwd
/media/CentOS_6.8_Final/Packages
[root@bigdata111 Packages]# rpm -ivh firefox-45.0.1-1.el6.centos.x86_64.rpm
warning: firefox-45.0.1-1.el6.centos.x86_64.rpm: Header V3 RSA/SHA1 Signature, key ID c105b9de: NOKEY
Preparing... ########################################### [100%]
1:firefox ########################################### [100%]
ps 命令的作用是显示进程信息的；
| 符号，是个管道符号，表示ps 和 grep 命令同时执行；
grep 命令是查找（Global Regular Expression Print），能使用正则表达式搜索文本，然后把匹配的行显示出来；
ps命令有一些参数：
-e : 显示所有进程
-f : 全格式
-h : 不显示标题
-l : 长格式
-w : 宽输出
a ：显示终端上的所有进程，包括其他用户的进程。
r ：只显示正在运行的进程。
u ：以用户为主的格式来显示程序状况。
x ：显示所有程序，不以终端机来区分。
结果信息从前到后依次是：
UID PID PPID C STIME TTY TIME CMD
zzw 14124 13991 0 00:38 pts/0 00:00:00 grep –color=auto dae
Linux中的top命令显示系统上正在运行的进程。它是系统管理员最重要的工具之一。被广泛用于监视服务器的负载。top命令是一个交互命令。在运行top的时候还可以运行很多命令。
N – 以 PID 的大小的顺序排列表示进程列表
P – 以 CPU 占用率大小的顺序排列进程列表
M – 以内存占用率大小的顺序排列进程列表
q – 退出 top
h – 帮助
1 系统运行时间和平均负载
这些字段显示：当前时间、系统已运行的时间、当前登录用户的数量、相应最近5、10和15分钟内的平均负载。
2 任务
第二行显示的是任务或者进程的总结。进程可以处于不同的状态。这里显示了全部进程的数量。除此之外，还有正在运行、睡眠、停止、僵尸进程的数量（僵尸是一种进程的状态）。这些进程概括信息可以用’t’切换显示。
3 CPU 状态
下一行显示的是CPU状态。 这里显示了不同模式下的所占CPU时间的百分比。这些不同的CPU时间表示:
us, user： 运行(未调整优先级的) 用户进程的CPU时间
sy，system: 运行内核进程的CPU时间
ni，niced：运行已调整优先级的用户进程的CPU时间
wa，IO wait: 用于等待IO完成的CPU时间
hi：处理硬件中断的CPU时间
si: 处理软件中断的CPU时间
st：这个虚拟机被hypervisor偷去的CPU时间（译注：如果当前处于一个hypervisor下的vm，实际上hypervisor也是要消耗一部分CPU处理时间的）。
4 内存使用
接下来两行显示内存使用率，有点像’free’命令。第一行是物理内存使用，第二行是虚拟内存使用(交换空间)。
物理内存显示如下:全部可用内存、已使用内存、空闲内存、缓冲内存。相似地：交换部分显示的是：全部、已使用、空闲和缓冲交换空间。
5 各列的意思
PID 进程ID，进程的唯一标识符
USER 进程所有者的实际用户名。
PR 进程的调度优先级。这个字段的一些值是’rt’。这意味这这些进程运行在实时态。
NI 进程的nice值（优先级）。越小的值意味着越高的优先级。
VIRT 进程使用的虚拟内存。
RES 驻留内存大小。驻留内存是任务使用的非交换物理内存大小。
SHR SHR是进程使用的共享内存。
S 这个是进程的状态。它有以下不同的值:
D – 不可中断的睡眠态。
R – 运行态
S – 睡眠态
T – 被跟踪或已停止
Z – 僵尸态
%CPU 自从上一次更新时到现在任务所使用的CPU时间百分比。
%MEM 进程使用的可用物理内存百分比。
TIME+ 任务启动后到现在所使用的全部CPU时间，精确到百分之一秒。
COMMAND 运行进程所使用的命令。
注意 ：不同发行版的top命令在各种细节有不同，如果发现不同时，请读你的帮助手册和命令内的帮助。）
kill、kill-15、kill-9区别:
执行kill（默认kill -15）命令，系统会发送一个SIGTERM信号给对应的程序,大部分程序接收到SIGTERM信号后，会先释放自己的资源，然后再停止。用法kill pid。
kill -15 pid。
kill -9命令，系统给对应程序发送的信号是SIGKILL，即exit。exit信号不会被系统阻塞，所以kill -9能顺利杀掉进程。用法kill -9 pid。
tail -n 1000：显示最后1000行
tail -n +1000：从1000行开始显示，显示1000行以后的
head -n 1000：显示前面1000行
cat a.txt 显示文件
vim xx.conf 编辑文件
打开文件后，按insert键进入编辑模式；编辑完后，按esc建退出编辑模式；按shift+冒号后，输入wq保存退出，wq!保存强制退出，q不保存退出
在根目录模糊查找名字含java的文件
服务器端常有很多压缩过的日志文件，当需要查找日志中某些特定信息的时候，为了避免解压文件，可以使用zgrep，zcat等命令查找、查看压缩文件中的信息
zgrep ' 输入你要查找的东东' /目录 /文件 .gz 或者.log （当日）
grep ' 输入你要查找的东东' /目录 /文件 .gz 或者.log （非当日的压缩文件）
例如： zgrep 'callMktCamLoad' app.log.2019-12-03-*.gz
rpm包安装的，可以用 rpm -qa 看到，如果要查找某软件包是否安装，用 rpm -qa | grep "软件或者包的名字"
以deb包安装的，可以用 dpkg -l 看到。如果是查找指定软件包，用 dpkg -l | grep "软件或者包的名字"
yum方法安装的，可以用 yum list installed 查找，如果是查找指定包，用 yum list installed | grep "软件名或者包名"
linux常用命令如下：
1、查看内核版本：uname -a。
2、控制台-图形界面：init 5或者startx。
3、图形界面-控制台: init3或者直接注销。
4、如何查看ip地址：ifconfig。
5、配置ip:ifconfig eth0 ip地址。
6、重启：reboot 或者 shutdown -r now。
操作命令
首先介绍一个名词“控制台”，它就是我们通常见到的使用字符操作界面的人机接口，例如dos。我们说控制台命令，就是指通过字符界面输入的可以操作系统的命令，例如dos命令就是控制台命令。我们要了解的是基于Linux操作系统的基本控制台命令和dos命令不同的是，Linux的命令（也包括文件名等等）对大小写是敏感的。