基于服务器系统的安全设置
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防火墙设置
账户设置
加强程序代码安全性
及时备份数据
加强程序代码的安全性
第一，可以安装杀毒软件，防火墙等。
第二，权限的分配，访问，读写的权限不要太开。
第三，让管理员每周都登录上去查看，并备份数据，以免被不法分子篡改。
第四，安装防泄密软件，可以更好的防护服务器的安全。
比如SDC沙盒，能够防止黑客，病毒入侵，将源代码和重要文件盗取。
php能看到网页源代码不安全
php本身是安全的，但是如果网页的源代码中存在未经过认证的输入，那么可能会导致安全漏洞。例如，如果网页源代码中包含了用户输入的数据，那么攻击者可以利用这些数据来攻击网站，如SQL注入等。因此，在使用php编写网页源代码时，应该对用户输入的数据进行严格的过滤和验证，以确保网站的安全。
1，可能是原服务器上有系统漏洞，或者是搭建的网站系统存在漏洞，往往别人通过注入，字典的攻击方式攻击服务器，成功后提权会获得服务器的控制权，在网页文件中加入恶意代码也就成为可能，一个批处理就能完成。。
2，删除这些恶意代码由于文件太多，不太可能完成。文件中怕误删其他相关代码。最直接的办法就是从新架设网站，如果以前有备份，可以覆盖掉。
3，避免以后不出现这样的问题要关注服务器的安全，漏洞即时修复，检查网页漏洞代码，密码设置权限等等安全问题，并且建议经常检测服务器是否被入侵，是否有漏洞等等。。。
4，出现这样现象危害八成已经被攻克，的看黑客在服务器上的具体权限，最高权限完全可以控制整台服务器，可以通过端口监控，用户管理查看相关信息。
5，后门程序搜索是很麻烦的，种类太多，常见的有shift后门（3389），远程反弹shell后门，木马远控等等，木马类的可以通过杀毒软件查杀，内核级的不太容易，注意服务器上权限的严格分配，另外防火墙要安装。