混淆的工具很多，最常用的为retroguard.
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Java 代码编译后生成的 .class 中包含有源代码中的所有信息（不包括注释），尤其是在其中保存有调试信息的时候。所以一个按照正常方式编译的 Java .class 文件可以非常轻易地被反编译。反编译工具有很多种，其中非常强大的一种是 jad。
为了避免出现这种情况，保护开发者的劳动，又有一种叫做 Java 混淆器的工具被开发出来。Java 混淆器的作用是对编译好的代码进行混淆，使得其无法被反编译或者反编译后的代码混乱难懂。Java 混淆器也有很多种，其中比较强大的一种是 RetroGuard（只说比较强大是因为我对其功效还是有些怀疑的）。
这里我介绍一下 RetroGuard 的使用方法。
将下载的 .tar.gz 或者 .zip 文件解压。有用的只有 retroguard.jar 一个文件，其它的是源代码和文档。
RetroGuard 是针对 jar 文件做混淆的。使用之前需要先配置一下。可以手工编辑配置文件，更好的方法是使用 RetroGuard 提供的 GUI 工具来生成配置文件。使用方法如下：
java -classpath retroguard.jar;xxx.jar;yyy.zip;... RGgui
然后在 GUI 的 Wizard 中设置各个参数。上面的 -classpath 中应该列出要混淆的 jar 所依赖的所有的包。
RGgui 的详细使用方法可以看 RetroGuard 的文档 docs.html。
配置文件生成后，就可以运行 RetroGuard 进行混淆了。使用方法如下：
java -classpath xxx.jar;yyy.zip;... RetroGuard vvv-unofb.jar vvv.jar vvv.rgs vvv.log
其中 vvv-unofb.jar 是未混淆的 jar 文件，vvv.jar 是混淆后生成的 jar 文件，vvv.rgs 是配置文件，vvv.log 是日志文件。缺省的配置文件名称为 script.rgs，缺省的日志文件名称为 retroguard.log。
在生成配置文件时需要注意的是：
1、所有 public 的类名、方法名、变量名应该全部保留。因为所有设置为 public 的内容代表了整个包对外表现的接口。若某个内容不想为外界访问，就不应该设置为 public 的。
2、若包中某个类使用了 java.lang.Class 或者 java.lang.ClassLoader 中的某个方法加载了一个类，若这个类在包外，不需要特别处理；若这个类在包内，则需要保留这个类的类名，否则混淆后会找不到这个类。
3、在包中的所有调试信息（源文件名、行号、变量/参数信息等等）应全部删除。
一、java web项目混淆
proguard4.8工具，说是支持war的，可混淆过后少了classes目录了，自然成功不了。网上搜的过程不详说了，最后找着－－“J2EE-web工程ProGuard代码混淆07_28”，网址：
根据提示一步步完成。
把web项目打成jar包后用proguard进行混淆，然后把混淆过后的class目录替换发布包war中的对应目录，启动运行是正常的。
主要注意利用proguard生成xxx.pro文件，然后手动加工-keep class WebRoot.WEB-INFO.lib.* 等项目中不需要混淆的包和类。
二、java web项目打成.exe
没找到免费的，这搜到个收费的－－Jinstall，试了下功能挺好，
可以加密、集成jdk、tomcat，如果数据库是mysql也集成，其他数据库的话要设置数据库的url.
ava代码很容易被反编译，以下使用proguard来保护我们的代码
proguard选项很多，容易迷糊，现在就把我的配置写下来(实际使用中)，以供参考
1.到下载proguard
2.准备好你的jar包，我在这里举例叫做test.jar。
3.解压proguard，执行 bin目录下的proguardgui.bat。
如图1
4.运行如图，点击左边“input/output” 菜单，如图2
5.点击右边的“add input” 加入我们要混的jar包，test.jar
点击右边的“add output” 填入我们要输出的jar包(命名随便)，这里我写 test_out.jar。
注意输出的jar包，要自己手工填写。
6.添加支持库，下边的 “Library jars,wars,ears .....” 那个框框。
点击右边的“add”。
说明一下，这里最好把你的myeclipse里java project里的libraries所有Library的jar包，copy到一个目录，然后在这里加入这些jar包，myeclipse的环境支持jar包一般，如图3
7.做完以上步骤后，应该如下图4，这样就差不多了
8.点击“shrinking” ，设置成如图5。(可根据需要设置，这里只是我的配置)
9.点击“obfuscation” ，设置如图6。(可根据需要设置，这里只是我的配置)
10.点击“optimization” 设置如图7。(可根据需要设置，这里只是我的配置)
11.点击“process”，再点击“save configuration”，在弹出的对话框中，输入要保存的配置文件名称(这里我的是test.pro)，最后点击“保存”。如图8
至些图形化的设置部分已经完成。
12.最后，添加要保留的类与方法。
用编辑器编辑刚才保存下来的“test.pro”，用记事本什么都可以，打开后大致应该是以下的样子
-injars test.jar
-outjars test_out.jar
-libraryjars 'C:\Program Files (x86)\Java\jdk1.6.0_10\jre\lib\rt.jar'
-libraryjars lib\ant.jar
-libraryjars lib\aopalliance-1.0.jar
-libraryjars lib\commons-dbcp-1.4.jar
-libraryjars lib\commons-fileupload-1.2.1.jar
-libraryjars lib\commons-io-1.4.jar
.....设置的支持库包，略
-dontskipnonpubliclibraryclassmembers
-dontshrink
-useuniqueclassmembernames
-keeppackagenames
-keepattributes Exceptions,InnerClasses,Signature,Deprecated,SourceFile,LineNumberTable,LocalVariable*Table,*Annotation*,Synthetic,EnclosingMethod
-keepparameternames
-ignorewarnings
....我们在这里加入要保持的类和方法，写法如下，红色部分是我们加的
-keep class org.bl.soa.components.constant.* {
public fields;
public methods;
*** set*(***);
*** get*();
}
-keep class org.bl.hibernate.* {
public fields;
public methods;
*** set*(***);
*** get*();
}
.....继续加其他的要保留的类和方法，有多少写多少。我是把test.jar里的所有类都加进来。
....后面还一些自动生成的配置，不用管它们。
....略
13.写完后，保存。
重新打开progrard，执行 bin目录下的proguardgui.bat。
点击第一个选项“Proguard”，再点击“Load configuration”，选择我们刚才保存的“test.pro”进行加载。
如下图
14.开始混代码，点击右边“process”，再点击“process!”，如下图
15,在等待处理完成后，输出的“test_out.jar”，就是混过的jar包，你可以用xjad反编看下效果。
16,如果在处理过程中有问题，一般会有提示，大部分一般都是缺少关联类，如果少了相关类，在第7步的图，把缺少的支持包加进来就可以了。
附上出处链接：
推荐用 Yahoo YUI Compressor，或 白度一个压缩工具
所谓 JavaScript 混淆，基本就是
1 重命名局部变量（YUI Compressor 也可以配置参数，拒绝变量重命名）
2 移除代码空白（Space、Tab、Line-Feed）
在相同语义的情况下压缩代码，比如去掉末尾分号（Remove Terminator Semicolons），常量替换（Constant Propagation）