三层通常是指MVC设计模式，即Modle（模型）层，View（视图）层，Controller（控制器）层。模型层通常是放实体类如学生类，老师类等。视图层通常是指展示效果的一些类。控制器指控制程序流程逻辑的类。
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MVC是一种软件设计典范，用一种业务逻辑、数据、界面显示分离的方法组织代码，将业务逻辑放到一个部件里面，在重构界面时，不需要重新编写业务逻辑。实现视图和逻辑的分离。
分层就是把代码按照逻辑，分成多个不同的层次。
分层的目的是让结构更清晰，代码编写的时候也更好管理。
比如三层的MVC，分为model业务层，view展示层，control控制层。
更个部分的代码相对独立，层次的关系也很明了。有的会把model层再细分。。。
代码详解就算了吧。
你了解这个还是通过项目了解的好，这种分层思想也是从实际工作中总结出来的。不是凭空想象的、。
javaweb的四层/五层逻辑结构。
首先要明白为什么要分层？
分层的目的是为了简化工作流程，避免重复代码和不必要的冗余，提高开发速度和效率。
由上到下分为：
1.UI层（对用户进行显示）
2.持久化层（用来持久化数据库）
3.业务层（有丰富的业务逻辑，并进行处理，就是把实际数据库的映射到内存中，就好比把仓库的粮食放到锅里去煮还是拿去分给大家，这就是两种业务逻辑）
4.表现层（在我看来就是服务层，用来管理容器级别的服务，例如事务，安全，数据访问逻辑等等）
这是这四层结构，还有三层结构表示的：
表示层
业务逻辑
持久化
这个分层主要是看遵循哪一种标准以及分层的用途了。
就好比计算机网络中的网络结构分层，有五层的通用结构，四层的TCP/IP协议，七层的OSI协议。
我觉得不必深究，当你真实的去运用这些知识后，再去质疑也不迟。