1、系统的技术架构比较
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分层是将系统进行有效组织的方式，分而治之的思想是计算机领域中非常重要的思想。在好的分层思想引导下，便能实现“高内聚、低耦合”，也能将具体的问题 割裂开来，易于控制、易于延展，更易于分配资源。PHP只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而JAVA在这方面就十分强大，可以实现多层的网络架构。运用MVC的设计模式，可使电子商务软件具有更加高效、合理的系统架构。技术架构的落后，使运用PHP编写的电子商务软件先天不足，而后天又无法补足其先天上的劣势。使得系统在可拓展性、需求应变性上与JAVA编写的电子商务软件系统的差距越来越大。架构的差距，注定了PHP做的电子商务充其量是个小家碧玉，始终无法和JAVA这种大家闺秀同台竞技。
2、数据库访问比较
PHP可编译成具有与许多数据库相连接的函数。将自己编写外围的函数去间接存取数据库。通过这样的途径当更换使用的数据库时，可以轻松地修改编码以适应这样的变化。但PHP提供的数据库接口支持彼此不统一，比如对Oracle,MySQL,SQL2000的接口，彼此都不一样。由于PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强。
3、安全性对比
在JAVA的面前，PHP丢掉了很多的优势。在代码的安全性上尤为突出。PHP的开发程序在别人拿到代码后，可以很容易的进行修改。而JAVA开发的程序由于无法看到完整的源代码，只能看到一些编译好的类文件.class，所以安全性较高。加之系统架构的优势，在安全性上PHP和JAVA是相去甚远。如果非要将PHP和JAVA在安全性上做个比较的话，同一个小偷光顾PHP那是随便拿来随便改，想拿什么拿什么，拿的高兴还能大笔一辉某某到此一游。而光顾JAVA的时候，便会发现警察把守，内设自动报警装置，即便突破重重阻扰后进入居室。那值钱的东西都放在加密后的保险柜中，只能望洋兴叹、铩羽而归。
不冲突
数据层：app\index\model\User 用于定义数据相关的自动验证和自动完成和数据存取接口
逻辑层：app\index\logic\User 用于定义用户相关的业务逻辑
服务层：app\index\service\User 用于定义用户相关的服务接口等
模型并非必须定义、当你有独立的业务逻辑模块的时候才需要定义
三层架构模式跟用什么语言没有关系。PHP的三层架构完全可以这么做：表现层（模板）调用- 业务层（类）调用-数据层（操作数据库的类）；用MVC的框架当然也可以，因为MVC本身就是基于表示层-业务逻辑层-数据库访问层的结构的，MVC多了一个C控制器
分层是属于软件体系架构设计的范畴，
MVC是属于软件设计模式的概念，
两者其实没什么好比的。
相同的地方在于他们都有一个表现层，
硬说要有什么联系，看下面
UI（MVC中
的Controller和View一般都是位于这层的）
BLL
DAL
这里的Model和三层中的Model也是两个不同的概念。
MVC的Model一般就是Entity，三层中都有它的身影。