一、java web项目混淆
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proguard4.8工具，说是支持war的，可混淆过后少了classes目录了，自然成功不了。网上搜的过程不详说了，最后找着－－“J2EE-web工程ProGuard代码混淆07_28”，网址：
根据提示一步步完成。
把web项目打成jar包后用proguard进行混淆，然后把混淆过后的class目录替换发布包war中的对应目录，启动运行是正常的。
主要注意利用proguard生成xxx.pro文件，然后手动加工-keep class WebRoot.WEB-INFO.lib.* 等项目中不需要混淆的包和类。
二、java web项目打成.exe
没找到免费的，这搜到个收费的－－Jinstall，试了下功能挺好，
可以加密、集成jdk、tomcat，如果数据库是mysql也集成，其他数据库的话要设置数据库的url.
可以使用Virbox Protector Standalone 加壳工具对java的class类进行加密，支持各种开发语言的程序加密。可防止代码反编译，更安全，更方便
产品简介
Virbox Protector Standalone提供了强大的代码虚拟化、高级混淆与智能压缩技术，保护您的程序免受逆向工程和非法修改。
Virbox Protector Standalone 将被保护的程序代码转换为虚拟机代码，程序运行时，虚拟机将模拟程序执行，进入和离开虚拟机都有高级代码混淆。虚拟机配合代码混淆可以达到很好的保护效果，尤其是开发者的私有逻辑。高级混淆利用花指令和代码非等价变形等技术，将程序的代码，转换成一种功能上等价，但是难于阅读和理解的代码，可充分干扰静态分析。应用程序的解压缩含有动态密码，让一切自动脱壳工具失效，有效的阻止.Net、PE 程序的直接反编译。
特点
多种加密策略：代码虚拟化、高级混淆、智能压缩
性能分析：智能分析引擎，一键分析各个函数模块调用的次数
支持多种开发语言：多种开发语言加壳支持
源码级保护：保护到汇编级别，c#保护IL级别
免费更新：免费版本升级
不需要对源代码混淆。class有这种功能的，在J2ME中混淆是必须的，结果跟你说的一样，不过原理不是你那么走的，混淆以后的class反编译也会让人看不懂，全部变成了a,b,c,d这样的名字。