查看mysql server超时时间：
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msyql show global variables like '%timeout%';
设置mysql server超时时间（以秒为单位）：
msyql set global wait_timeout=10;
msyql set global interactive_timeout=10;
原因分析：
（1）大量数据访问情况下，mysql connection连接有可能失效
（2）长时间不妨问，connection会失效
关于MySQL的wait_timeout连接超时问题报错解决方案
Mysql服务器默认的“wait_timeout”是8小时【也就是默认的值默认是28800秒】，也就是说一个connection空闲超过8个小时，Mysql将自动断开该connection，通俗的讲就是一个连接在8小时内没有活动，就会自动断开该连接。 wait timeout的值可以设定，但最多只能是2147483，不能再大了。也就是约24.85天
所以即使你MySQL通过my.ini 在
# The TCP/IP Port the MySQL Server will listen on port=3306下面添加
# this is myown dinifition for mysql connection timeout wait_timeout=31536000
interactive_timeout=31536000
无论超过最大限度多大的数值，只能被MySQL解析为2147483，2147483天后你的程序该出什么错还是什么错，避免不了
C3P0连接池连接mysql有时会出现如下错误：
这是C3P0配置的超时时间和mysql超时时间不一致导致的，C3P0为60秒超时，mysql为30秒超时，在30-60之间的时间mysql已经断开连接，而C3P0还维持连接，再次发送请求就会报上面的错误。
解决方法：
1、修改C3P0的maxIdleTime参数为30。
2、修改mysql的wait_timeout参数为60秒。不停机状态下进入mysql命令行，执行set global wait_timeout=60;
应用程序注册了JDBC驱动，但当程序停止时无法注销这个驱动，tomcat为了防止内存溢出，就给强制注销了。
当应用程序和数据库建立连接时，如果超过了8个小时，应用程序句不会去访问数据库，数据库就会出现断掉连接的现象 。这时再次访问就会抛出异常。
一般的解决方法大多是在数据库连接字符串中增加“autoReconnect=true ”选项。但是这只对mysql4以前的版本有效。
在最新的mysql中是无效的。其实要解决这个问题也有一个简单的方法，就是修改mysql的启动参数。缺省情况下mysql的timeout时间是28800秒，正好是8小时，增加一个0就可以了。
可以在" my.ini"文件中增加此参数：
[mysqld]
interactive_timeout=288000
wait_timeout=288000
MySQL查询超时的设置方法
为了优化OceanBase的query timeout设置方式，特调研MySQL关于timeout的处理，记录如下。
[plain]
mysql show variables like '%time%';
+----------------------------+-------------------+
| Variable_name | Value |
+----------------------------+-------------------+
| connect_timeout | 10 |
| datetime_format | %Y-%m-%d %H:%i:%s |
| delayed_insert_timeout | 300 |
| flush_time | 1800 |
| innodb_lock_wait_timeout | 50 |
| innodb_old_blocks_time | 0 |
| innodb_rollback_on_timeout | OFF |
| interactive_timeout | 28800 |
| lc_time_names | en_US |
| lock_wait_timeout | 31536000 |
| long_query_time | 10.000000 |
| net_read_timeout | 30 |
| net_write_timeout | 60 |
| slave_net_timeout | 3600 |
| slow_launch_time | 2 |
| system_time_zone | |
| time_format | %H:%i:%s |
| time_zone | SYSTEM |
| timed_mutexes | OFF |
| timestamp | 1366027807 |
| wait_timeout | 28800 |
+----------------------------+-------------------+
21 rows in set, 1 warning (0.00 sec)
重点解释其中几个参数：
connect_timeout:
The number of seconds that the mysqld server waits for a connect packet before respondingwith Bad handshake. The default value is 10 seconds as of MySQL 5.1.23 and 5 seconds before that. Increasing the connect_timeout value might help if clients frequently encounter errors of the form Lost connection to MySQL server at ‘XXX’, system error: errno.
解释：在获取链接时，等待握手的超时时间，只在登录时有效，登录成功这个参数就不管事了。主要是为了防止网络不佳时应用重连导致连接数涨太快，一般默认即可。
interactive_timeout:
The number of seconds the server waits for activity on an interactive connection before closing it. An interactive client is defined as a client that uses the CLIENT_INTERACTIVE option to mysql_real_connect(). See alsowait_timeout.
解释：一个持续SLEEP状态的线程多久被关闭。线程每次被使用都会被唤醒为acrivity状态，执行完Query后成为interactive状态，重新开始计时。wait_timeout不同在于只作用于TCP/IP和Socket链接的线程，意义是一样的。
MySQL可以配置连接的超时时间，这个时间如果做得太长，甚至到了10min，那么很可能发生这种情况，3000个链接都被占满而且sleep在哪，新链接进不来，导致无法正常服务。因此这个配置尽量配置一个符合逻辑的值，60s或者120s等等。
说人话：
命令行下面敲一个命令后，直至下一个命令到来之前的时间间隔为interactive_time，如果这个时间间隔超过了interactive_timeout，则连接会被自动断开，下一个命令失败。不过一般的mysql客户端都有自动重连机制，下一个命令会在重连后执行。
[sql]
mysql set interactive_timeout = 1;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql show session variables like '%timeout%';
+----------------------------+----------+
| Variable_name | Value |
+----------------------------+----------+
| connect_timeout | 10 |
| interactive_timeout | 1 |
| wait_timeout | 28800 |
+----------------------------+----------+
10 rows in set (0.00 sec)
=====
[sql]
mysql set wait_timeout = 1;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
【去泡杯茶，等会儿】
mysql show session variables like '%timeout%';
ERROR 2006 (HY000): MySQL server has gone away
No connection. Trying to reconnect...
Connection id: 7
Current database: *** NONE ***
+----------------------------+----------+
| Variable_name | Value |
+----------------------------+----------+
| connect_timeout | 10 |
| interactive_timeout | 28800 |
| wait_timeout | 28800 |
+----------------------------+----------+
10 rows in set (0.01 sec)
wait_timeout:
The number of seconds the server waits for activity on a noninteractive connection (连接上没有活动命令，可能是客户端喝咖啡去了。)before closing it. Before MySQL 5.1.41, this timeout applies only to TCP/IP connections, not to connections made through Unix socket files, named pipes, or shared memory.
On thread startup, the session wait_timeout value is initialized from the global wait_timeout value or from the global interactive_timeout value, depending on the type of client
这里顺带解释一下什么是non-interactive connection
Non-Interactive Commands
Just do a quick look up on a table without logging into the client, running the query then logging back out again.
You can instead just type one line using the ' -e ' flag.
[sql]
c:\mysql\bin\mysql -u admin -p myDatabase -e 'SELECT * FROM employee'
net_read_timeout / net_write_timeout
The number of seconds to wait for more data from a connection before aborting the read. Before MySQL 5.1.41, this timeout applies only to TCP/IP connections, not to connections made through Unix socket files, named pipes, or shared memory. When the server is reading from the client, net_read_timeout is the timeout value controlling when to abort. When the server is writing to the client, net_write_timeout is the timeout value controlling when to abort. See also slave_net_timeout.
On Linux, the NO_ALARM build flag affects timeout behavior as indicated in the description of the net_retry_count system variable.
解释：这个参数只对TCP/IP链接有效，分别是数据库等待接收客户端发送网络包和发送网络包给客户端的超时时间，这是在Activity状态下的线程才有效的参数
JDBC setQueryTimeout函数：
为了避免查询出现死循环，或时间过长等现象，而导致线程阻塞，在获得Statement的实例后，stmt.setQueryTimeout(10); 避免因为查询导致程序出现线程阻塞。
但昨天发现程序出现了，“ORA-01013: 用户请求取消当前的操作”的异常。手工执行出错SQL语句发现，这个语句耗时20多秒。因为setQueryTimeout(10)，所以还没有执行完查询语句就抛出异常了。使用setQueryTimeout(10)时一定要把时间设置的长一些，如60秒以上。只要不导致线程长期阻塞，就可以。太短了容易抛出，“ORA-01013: 用户请求取消当前的操作”的异常
JDBC实现setQueryTimeout的原理：
[java]
class IfxCancelQueryImpl extends TimerTask
implements IfmxCancelQuery
{
IfxStatement stmt;
Timer t = null;
public void startCancel(IfxStatement paramIfxStatement, int paramInt)
throws Exception
{
this.stmt = paramIfxStatement;
this.t = new Timer(true);
this.t.schedule(this, paramInt * 1000);
}
public void run()
{
try
{
this.stmt.cancel();
this.t.cancel();
}
catch (SQLException localSQLException)
{
this.t.cancel();
throw new Error(localSQLException.getErrorCode() + ":" + localSQLException.getMessage());
}
}
}
出现该问题的主要原因是：Mysql server服务器超时，并且关闭了与客户端的连接导致的。
默认情况下，如果在8小时没有对mysql进行查询请求的话，服务器就会自动断开连接。可以通过修改全局变量 wait_timeout和interactive_timeout两个变量的值来进行修改。
接着退出mysql命令行后，重载下mysql
再进来看两个变量都已经更改成功
摘录自： Mysql server出现“Mysql server has gone away”的错误的解决方式