Java数据加密：我们一般用校验性加密，常用的是MD5，优点是速度快，数据占用空间小。缺点是不可逆，所以我们一般用来校验数据有没有被改动等。需要可逆，可以选用base64，Unicode，缺点是没有密钥，安全性不高。
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可以使用Virbox Protector Standalone 加壳工具对java的class类进行加密，支持各种开发语言的程序加密。
Java有相关的实现类：具体原理如下对于任意长度的明文，AES首先对其进行分组，每组的长度为128位。分组之后将分别对每个128位的明文分组进行加密。对于每个128位长度的明文分组的加密过程如下：(1)将128位AES明文分组放入状态矩阵中。
简单的Java加密算法有：第一种. BASEBase是网络上最常见的用于传输Bit字节代码的编码方式之一，大家可以查看RFC～RFC，上面有MIME的详细规范。Base编码可用于在HTTP环境下传递较长的标识信息。
但要成为高级JAVA工程师，我们需要对JAVA做比较深入的研究。为大家总结了以下三个方面的学习方法：软件开发学习路线。
极具实践指导性。Java开发者将通过本书掌握密码学和Java加密与解密技术的所有细节；系统架构师将通过本书领悟构建安全企业级应用的要义；其他领域的安全工作者也能通过本书一窥加密与解密技术的精髓。
加密？对文件内容加密？这一般需要设计自己的加密算法和密子。
图1隔离Java程序示意图 对Class文件进行加密 为了防止Class文件被直接反编译，许多开发人员将一些要害的Class文件进行加密，例如对注册码、序列号治理相关的类等。
* F， G， H ，I 是4个基本的keyBean函数，在原始的keyBean的C实现中，由于它们是 * 简单的位运算，可能出于效率的考虑把它们实现成了宏，在java中，我们把它们 实现成了private方法，名字保持了原来C中的。
如果可以随便儿用什么加密方式的话，直接用DES加密就可以。如果非要自己设计一个加密算法，你可以随便指定一个规则，是加减乘除，移位啊取余啊都随便你，最后能按原路算回来就行。
一般来说就是JAVA提供一个可以给C#使用的接口，比如：webservice，或者HTTP接口啥的 ，记得之前远标java讲过这个问题，我先找下资料。