源代码文件加密后，不影响软件的正常编译，合法用户正常双击打开，在授权范围内使用。源代码加密软件推荐使用德人合科技的透明加密防泄密软件系统，是一套从源头上保障数据安全和使用安全的软件系统。
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Java代码加密：这点因为Java是开源的，想达到完全加密，基本是不可能的，因为在反编译的时候，虽然反编译回来的时候可能不是您原来的代码，但是意思是接近的，所以是不行的。
可以使用Virbox Protector Standalone 加壳工具对java的class类进行加密，支持各种开发语言的程序加密。
简单的Java加密算法有：第一种. BASE Base是网络上最常见的用于传输Bit字节代码的编码方式之一，大家可以查看RFC～RFC，上面有MIME的详细规范。Base编码可用于在HTTP环境下传递较长的标识信息。