一、操作系统的选择
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FTP服务器首先是基于操作系统而运作的，因而操作系统本身的安全性就决定了FTP服务器安全性的级别。虽然Windows 98／Me一样可以架设FTP服务器，但由于其本身的安全性就不强，易受攻击，因而最好不要采用。Windows NT就像鸡肋，不用也罢。最好采用Windows 2000及以上版本，并记住及时打上补丁。至于Unix、Linux，则不在讨论之列。
二、使用防火墙
端口是计算机和外部网络相连的逻辑接口，也是计算机的第一道屏障，端口配置正确与否直接影响到主机的安全，一般来说，仅打开你需要使用的端口，将其他不需要使用的端口屏蔽掉会比较安全。限制端口的方法比较多，可以使用第三方的个人防火墙，如天网个人防火墙等，这里只介绍Windows自带的防火墙设置方法。
1.利用TCP/IP筛选功能
在Windows ?2000和Windows XP中，系统都带有TCP/IP筛选功能，利用它可以简单地进行端口设置。以Windows XP为例，打开“本地连接”的属性，在“常规”选项中找到“Internet协议（TCP/IP）”，双击它打开该协议的属性设置窗口。点击右下方的“高级”按钮，进入“高级TCP/IP设置”。在“选项”中选中“TCP/IP筛选”并双击进入其属性设置。这里我们可以设置系统只允许开放的端口，假如架设的FTP服务器端口为21，先选中“启用TCP/IP筛选（所有适配器）”，再在TCP端口选项中选择“只允许”，点“添加”，输入端口号21，确定即可。这样，系统就只允许打开21端口。要开放其他端口，继续添加即可。这可以有效防止最常见的139端口入侵。缺点是功能过于简单，只能设置允许开放的端口，不能自定义要关闭的端口。如果你有大量端口要开放，就得一个个地去手工添加，比较麻烦。
2.打开Internet连接防火墙
对于Windows XP系统，自带了“Internet连接防火墙”功能，与TCP/IP筛选功能相比，设置更方便，功能更强大。除了自带防火墙端口开放规则外，还可以自行增删。在控制面板中打开“网络连接”，右击拨号连接，进入“高级”选项卡，选中“通过限制或阻止来自Internet的对此计算机的访问来保护我的计算机和网络”，启用它。系统默认状态下是关闭了FTP端口的，因而还要设置防火墙，打开所使用的FTP端口。点击右下角的“设置”按钮进入“高级设置”，选中“FTP服务器”，编辑它。由于FTP服务默认端口是21，因而除了IP地址一栏外，其余均不可更改。在IP地址一栏中填入服务器公网ＩＰ，确定后退出即可即时生效。如果架设的FTP服务器端口为其他端口，比如22，则可以在“服务”选项卡下方点“添加”，输入服务器名称和公网IP后，将外部端口号和内部端口号均填入22即可。
三、对IIS、Serv-u等服务器软件进行设置
除了依靠系统提供的安全措施外，就需要利用FTP服务器端软件本身的设置来提高整个服务器的安全了。
1.IIS的安全性设置
1）及时安装新补丁
对于IIS的安全性漏洞，可以说是“有口皆碑”了，平均每两三个月就要出一两个漏洞。所幸的是，微软会根据新发现的漏洞提供相应的补丁，这就需要你不断更新，安装最新补丁。
2）将安装目录设置到非系统盘，关闭不需要的服务
一些恶意用户可以通过IIS的溢出漏洞获得对系统的访问权。把IIS安放在系统分区上，会使系统文件与IIS同样面临非法访问，容易使非法用户侵入系统分区。另外，由于IIS是一个综合性服务组件，每开设一个服务都将会降低整个服务的安全性，因而，对不需要的服务尽量不要安装或启动。
3）只允许匿名连接
FTP最大的安全漏洞在于其默认传输密码的过程是明文传送，很容易被人嗅探到。而IIS又是基于Windows用户账户进行管理的，因而很容易泄漏系统账户名及密码，如果该账户拥有一定管理权限，则更会影响到整个系统的安全。设置为“只允许匿名连接”，可以免却传输过程中泄密的危险。进入“默认FTP站点”，在属性的“安全账户”选项卡中，将此选项选中。
4）谨慎设置主目录及其权限
IIS可以将FTP站点主目录设为局域网中另一台计算机的共享目录，但在局域网中，共享目录很容易招致其他计算机感染的病毒攻击，严重时甚至会造成整个局域网瘫痪，不到万不得已，最好使用本地目录并将主目录设为ＮＴＦＳ格式的非系统分区中。这样，在对目录的权限设置时，可以对每个目录按不同组或用户来设置相应的权限。右击要设置的目录，进入“共享和安全→安全”中设置，如非必要，不要授予“写入”权限。
5）尽量不要使用默认端口号21
启用日志记录，以备出现异常情况时查询原因。
2.Serv-u的安全性设置
与IIS的FTP服务相比，Serv-u在安全性方面做得比较好。
1）对“本地服务器”进行设置
首先，选中“拦截FTP＿bounce攻击和XP”。什么是ＦXP呢？通常，当使用FTP协议进行文件传输时，客户端首先向FTP服务器发出一个“PORT”命令，该命令中包含此用户的IP地址和将被用来进行数据传输的端口号，服务器收到后，利用命令所提供的用户地址信息建立与用户的连接。大多数情况下，上述过程不会出现任何问题，但当客户端是一名恶意用户时，可能会通过在PORT命令中加入特定的地址信息，使FTP服务器与其它非客户端的机器建立连接。虽然这名恶意用户可能本身无权直接访问某一特定机器，但是如果FTP服务器有权访问该机器的话，那么恶意用户就可以通过FTP服务器作为中介，仍然能够最终实现与目标服务器的连接。这就是ＦXP，也称跨服务器攻击。选中后就可以防止发生此种情况。
其次，在“高级”选项卡中，检查“加密密码”和“启用安全”是否被选中，如果没有，选择它们。“加密密码”使用单向Hash函数（MD5）加密用户口令，加密后的口令保存在ServUDaemon。ini或是注册表中。如果不选择此项，用户口令将以明文形式保存在文件中：“启用安全”将启动Serv-u服务器的安全成功。
2）对域中的服务器进行设置
前面说过，FTP默认为明文传送密码，容易被人嗅探，对于只拥有一般权限的账户，危险并不大，但如果该账户拥有远程管理尤其是系统管理员权限，则整个服务器都会被别人远程控制。Serv-u对每个账户的密码都提供了以下三种安全类型：规则密码、OTP S／KEY MD4和OTP S／KEY MD5。不同的类型对传输的加密方式也不同，以规则密码安全性最低。进入拥有一定管理权限的账户的设置中，在“常规”选项卡的下方找到“密码类型”下拉列表框，选中第二或第三种类型，保存即可。注意，当用户凭此账户登录服务器时，需要FTP客户端软件支持此密码类型，如CuteFTP Pro等，输入密码时选择相应的密码类型方可通过服务器验证。
与IIS一样，还要谨慎设置主目录及其权限，凡是没必要赋予写入等能修改服务器文件或目录权限的，尽量不要赋予。最后，进入“设置”，在“日志”选项卡中将“启用记录到文件”选中，并设置好日志文件名及保存路径、记录参数等，以方便随时查询服务器异常原因。
ftp主要的安全问题是破坏程序能够在服务器端运行。
ftp文件传输协议是用于在网络上进行文件传输的一套标准协议，它工作在OSI模型的第七层，TCP模型的第四层，即应用层，使用TCP传输而不是UDP。客户在和服务器建立连接前要经过一个“三次握手”的过程，保证客户与服务器之间的连接是可靠的，而且是面向连接，为数据传输提供可靠保证。FTP允许用户以文件操作的方式与另一主机相互通信。然而用户并不真正登录到自己想要存取的计算机上面而成为完全用户，可用FTP程序访问远程资源，实现用户往返传输文件、目录管理以及访问电子邮件等等，即使双方计算机可能配有不同的操作系统和文件存储方式。
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为Internet上的FTP服务器，系统的安全性是非常重要的，这是建立FTP服务器者所考虑的第一个问题。其安全性主要包括以下几个方面： 一、 未经授权的用户禁止在服务器上进行FTP操作。 二、 FTP用户不能读取未经系统所有者允许的文件或目录。 三、 未经允许，FTP用户不能在服务器上建立文件或目录。 四、 FTP用户不能删除服务器上的文件或目录。 FTP服务器采取了一些验明用户身份的办法来解决上述第一个问题，主要包括以下几个措施： FTP用户所使用的用户帐号必须在／etc/passwd文件中有所记载（匿名FTP用户除外），并且他的口令不能为空。在没有正确输入用户帐号和口令的情况下，服务器拒绝访问。 FTP守护进程FTPd还使用一个/etc/FTPusers文件，凡在这个文件中出现的用户都将被服务器拒绝提供FTP服务。服务器管理可以建立"不受欢迎"的用户目录，拒绝这些用户访问. 只有在服务器的／etc/passwd文件中存在名为"FTP"的用户时，服务器才可以接受匿名FTP连接，匿名FTP用户可用"anonymous"或"FTP"作为用户名，自己的Internet电子邮件地址作为保密字。为了解决上述安全性的另外三个问题，应该对FTP主目录下的文件属性进行管理，建议对每个目录及其文件采取以下一些措施： FTP主目录：将这个目录的所有者设为"FTP"，并且将属性设为所有的用户都不可写，防止不怀好意的用户删改文件。 FTP/bin目录：该目录主要放置一些系统文件，应将这个目录的所有者设为"root"（即超级用户），并且将属性设为所有的用户都不可写。为保证合法用户可显示文件，应将目录中的ls文件属性设为可执行。 FTP/etc目录：将这个目录的所有者设为"root"，并且将属性设为所有的用户都不可写。将目录下的group文件和passwd文件的属性设为所有用户只读属性，并用编辑器将passwd文件中用户加过密的口令删掉。 FTP/pub目录：将这个目录的所有者置为"FTP"，并且将它的属性设为所有用户均可读、写、执行。 这样经过设置，既保证了系统文件不被删改，又保证了FTP合法用户的正常访问. 作为Internet上的FTP服务器，系统的安全性是非常重要的，这是建立FTP服务器者所考虑的第一个问题。其安全性主要包括以下几个方面： 一、 未经授权的用户禁止在服务器上进行FTP操作。 二、 FTP用户不能读取未经系统所有者允许的文件或目录。 三、 未经允许，FTP用户不能在服务器上建立文件或目录. 四、 FTP用户不能删除服务器上的文件或目录。 FTP服务器采取了一些验明用户身份的办法来解决上述第一个问题，主要包括以下几个措施： FTP用户所使用的用户帐号必须在／etc/passwd文件中有所记载（匿名FTP用户除外），并且他的口令不能为空。在没有正确输入用户帐号和口令的情况下，服务器拒绝访问。 FTP守护进程FTPd还使用一个/etc/FTPusers文件，凡在这个文件中出现的用户都将被服务器拒绝提供FTP服务。服务器管理可以建立"不受欢迎"的用户目录，拒绝这些用户访问。 只有在服务器的／etc/passwd文件中存在名为"FTP"的用户时，服务器才可以接受匿名FTP连接，匿名FTP用户可以用"anonymous"或"FTP"作为用户名，自己的Internet电子邮件地址作为保密字。为了解决上述安全性的另外三个问题，应该对FTP主目录下的文件属性进行管理，建议对每个目录及其文件采取以下一些措施： FTP主目录：将这个目录的所有者设为"FTP"，并且将属性设为所有的用户都不可写，防止不怀好意的用户删改文件。 FTP/bin目录：该目录主要放置一些系统文件，应将这个目录的所有者设为"root"（即超级用户），并且将属性设为所有的用户都不可写。为保证合法用户可显示文件，应将目录中的ls文件属性设为可执行。 FTP/etc目录：将这个目录的所有者设为"root"，并且将属性设为所有的用户都不可写。将目录下的group文件和passwd文件的属性设为所有用户只读属性，并用编辑器将passwd文件中用户加过密的口令删掉。 FTP/pub目录：将这个目录的所有者置为"FTP"，并且将它的属性设为所有用户均可读、写、执行。 这样经过设置，既保证了系统文件不被删改，又保证了FTP合法用户的正常访问。
参考资料：协议分析网
我理解的更保险是被安全的访问，不易被攻破。有以下方向可以入手：
提供FTP服务的服务器做好安全加固，消除安全隐患。比如关闭无关服务，过滤非必要端口访问，帐户密码等等；
使用一款安全的FTP服务端软件，并且要及时更新补丁
FTP访问权限的管理。以低权限运行FTP服务、修改默认端口、设置用户权限、来源IP限制，流量连接数限制等等
FTP资源目录的管理。将FTP放在一个独立的分区或磁盘，并设置低文件权限(如Linux，可以设定某个分区不可运行可执行文件，只读等）。可避免磁盘爆满服务器挂了，也可避免一些上传并可执行文件的隐患
由于FTP是明文传输，数据存在被截获的可能，所以可以使用sftp替代
如果内部使用的FTP，甚至可以套一层VPN。FTP服务只对内网开放，只能通过VPN接入内网，就可以严格限定使用对象了
暂时想到这些，希望对你有用。