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c语言中，程序运行的时候，首先是找到主函数来运行，其他的函数只有在被调用的时候才会运行。所以对于您给定的程序，系统找到主函数运行，函数体的第一句话是对被调用的函数进行申明，然后定义n为整型变量，s为双精度实行变量，并赋初始值为0。接下来从键盘输入n的值，然后用n和s作为实参，调用fun函数，那么程序就会转到fun函数中运行。定义变量i，然后运行循环语句，i从1到n，对每一个i进行判断，若i能整除5或者能整除9，那么就把1.0除以i的值加入到s中，直到1- n中所有满足条件的值都被加入到s中，整个循环结束，s的值返回到主函数中，然后进行输出。
以上就是函数调用的过程，请您批评指正！
第一个函数是fun(int a, int b)，调用fun(c[i],c[i+1]）时，将c[i]的值传递给a,c[i+1]的值传递给b,a和b在fun内部被修改了，但是对c[i]和c[i+1]不会有任何影响。
第二个函数时fun(int a[], int n),调用fun(k,5)时，将数组k的地址传递给了a,此时，对形参数组a的任何操作也就是在对数组k操作。
这两个函数的区别在于传值调用和传地址。相关知识请自己详细查阅。
调用函数就是计算机编译或运行时，使用某个函数来完成相关命令。对无参函数调用时则无实际参数表。实际参数表中的参数可以是常数、变量或其它构造类型数据及表达式。各实参之间用逗号分隔。
这两个定义是相对的，比如说你自己定义编写了一个函数，然后在后面的编写语句中要用到你之前编写的函数，你引用了，那个函数就是被调用函数，你正在写的那个主函数就是调用函数。