根据我之前接触到的此类问题，大致可以分为以下几种原因：
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1. 程序中非数据库交互操作导致事务挂起
将接口调用或者文件操作等这一类非数据库交互操作嵌入在 SQL 事务代码之中，那么整个事务很有可能因此挂起（接口不通等待超时或是上传下载大附件）。
2. 事务中包含性能较差的查询 SQL
事务中存在慢查询，导致同一个事务中的其他 DML 无法及时释放占用的行锁，引起行锁等待。
3. 单个事务中包含大量 SQL
通常是由于在事务代码中加入 for 循环导致，虽然单个 SQL 运行很快，但是 SQL 数量一大，事务就会很慢。
4. 级联更新 SQL 执行时间较久
这类 SQL 容易让人产生错觉，例如：update A set ... where ...in (select B) 这类级联更新，不仅会占用 A 表上的行锁，也会占用 B 表上的行锁，当 SQL 执行较久时，很容易引起 B 表上的行锁等待。
5. 磁盘问题导致的事务挂起
极少出现的情形，比如存储突然离线，SQL 执行会卡在内核调用磁盘的步骤上，一直等待，事务无法提交。
综上可以看出，如果事务长时间未提交，且事务中包含了 DML 操作，那么就有可能产生行锁等待，引起报错。
mysql 为并发事务同时对一条记录进行读写时，提出了两种解决方案：
1）使用 mvcc 的方法，实现多事务的并发读写，但是这种读只是“快照读”，一般读的是历史版本数据，还有一种是“当前读”，一般加锁实现“当前读”，或者 insert、update、delete 也是当前读。
2）使用加锁的方法，锁分为共享锁（读锁），排他锁（写锁）
快照读：就是select
当前读：特殊的读操作，插入/更新/删除操作，属于当前读，处理的都是当前的数据，需要加锁。
mysql 在 RR 级别怎么处理幻读的呢？一般来说，RR 级别通过 mvcc 机制，保证读到低于后面事务的数据。但是 select for update 不会触发 mvcc，它是当前读。如果后面事务插入数据并提交，那么在 RR 级别就会读到插入的数据。所以，mysql 使用 行锁 + gap 锁（简称 next-key 锁）来防止当前读的时候插入。
Gap Lock在InnoDB的唯一作用就是防止其他事务的插入操作，以此防止幻读的发生。
Innodb自动使用间隙锁的条件：
如果两个程序都向表中写数据显然会造成很大的麻烦，甚至会有意外情况发生。如果表正由一个程序写入，同时进行读取的另一个程序也会产生混乱的结果。
锁定表的方法
防止客户机的请求互相干扰或者服务器与维护程序相互干扰的方法主要有多种。如果你关闭数据库，就可以保证服务器
和myisamchk和isamchk之间没有交互作用。但是停止服务器的运行并不是一个好注意，因为这样做会使得没有故障的数据库和表也不可用。本节主
要讨论的过程，是避免服务器和myisamchk或isamchk之间的交互作用。实现这种功能的方法是对表进行锁定。
服务器由两种表的锁定方法：
1.内部锁定
内部锁定可以避免客户机的请求相互干扰——例如，避免客户机的SELECT查询被另一个客户机的UPDATE查询所干扰。也可以利用内部锁定机制防止服务器在利用myisamchk或isamchk检查或修复表时对表的访问。
语法：锁定表：LOCK TABLES tbl_name {READ | WRITE},[ tbl_name {READ | WRITE},…]
解锁表：UNLOCK TABLES
LOCK TABLES为当前线程锁定表。UNLOCK TABLES释放被当前线程持有的任何锁。当线程发出另外一个LOCK TABLES时，或当服务器的连接被关闭时，当前线程锁定的所有表自动被解锁。
如果一个线程获得在一个表上的一个READ锁，该线程(和所有其他线程)只能从表中读。如果一个线程获得一个表上的一个WRITE锁，那么只有持锁的线程READ或WRITE表，其他线程被阻止。
每个线程等待(没有超时)直到它获得它请求的所有锁。
WRITE锁通常比READ锁有更高的优先级，以确保更改尽快被处理。这意味着，如果一个线程获得READ锁，并且然后另外一个线程请求一个WRITE锁, 随后的READ锁请求将等待直到WRITE线程得到了锁并且释放了它。
显然对于检查，你只需要获得读锁。再者钟情跨下，只能读取表，但不能修改它，因此他也允许其它客户机读取表。对于修复，你必须获得些所以防止任何客户机在你对表进行操作时修改它。
2.外部锁定
服务器还可以使用外部锁定(文件级锁)来防止其它程序在服务器使用表时修改文件。通常，在表的检查操作中服务器
将外部锁定与myisamchk或isamchk作合使用。但是，外部锁定在某些系统中是禁用的，因为他不能可靠的进行工作。对运行myisamchk或
isamchk所选择的过程取决于服务器是否能使用外部锁定。如果不使用，则必修使用内部锁定协议。
如果服务器用--skip-locking选项运行，则外部锁定禁用。该选项在某些系统中是缺省的，如Linux。可以通过运行mysqladmin variables命令确定服务器是否能够使用外部锁定。检查skip_locking变量的值并按以下方法进行：◆如果skip_locking为off，则外部锁定有效您可以继续并运行人和一个实用程序来检查表。服务器和实用程序将合作对表进行访问。但是，运行任何
一个实用程序之前，应该使用mysqladmin flush-tables。为了修复表，应该使用表的修复锁定协议。
◆如果skip_locaking为on，则禁用外部锁定，所以在myisamchk或isamchk检查修复表示服务器并不知道，最好关闭服务器。如果坚
持是服务器保持开启状态，月确保在您使用此表示没有客户机来访问它。