JavaEE是用Java编写的一种基于服务器的应用程序平台，它有以下优缺点：
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优点：
可移植性：JavaEE应用程序可以在支持Java虚拟机的任何平台上运行，这使得JavaEE应用程序具有很好的可移植性。
安全性：JavaEE平台提供了许多安全机制，包括身份验证、授权和加密等，这使得JavaEE应用程序可以更安全地运行。
可扩展性：JavaEE平台的组件可以相互连接和重用，这使得JavaEE应用程序具有很好的可扩展性。
事务处理：JavaEE平台提供了强大的事务处理机制，可以保证事务的一致性和可靠性。
大型企业应用程序：JavaEE适用于大型企业应用程序开发，可以支持高并发、高吞吐量和大规模数据处理。
缺点：
学习曲线：与其他语言相比，JavaEE有较大的学习曲线，需要学习众多的框架和技术。
复杂性：JavaEE应用程序通常比较复杂，需要设计和实现多个组件之间的协作。
性能：与其他语言相比，JavaEE的性能可能稍低，但随着Java虚拟机的不断优化，性能已经得到很大的改进。
部署复杂性：JavaEE应用程序的部署可能相对复杂，需要配置服务器和环境，但现代的JavaEE容器如Tomcat等已经极大地简化了这个过程。
这个是要根据你网站的要求，还有你擅长哪种操作系统来选择了。
比如你网站是.Net的，当然选Windows Server，如果是JavaEE，那因为JAVA是跨平台的，那选哪种服务器都可以。具体就要看你可以配置哪种服务器了。
不过，一般服务器用CentOS的比较多，也不能说哪种更好，只能选哪种更适合。
后面版本的话，也是要根据网站的具体要求来选择的，比如CentOS 6.4 或者CentOS 7.0，虽说新版本可能更好，但是依然有人喜欢用老版本。
基于java EE的网络云盘系统
云盘：
主要是对注册客户进行资料存储、管理
（上传、下载、查询、分类、删除、移动等）
最终用户
1）注册用户
注册、登录、上传文档、系统对资料进行分类（视频、音频（在线播放）、图片浏览）
目录操作、文件管理（删除、改名）、查询文件、分享
2）管理员
注册用户管理：启用、禁用账户
文件管理：删除、
3）未登录账号
搜索云盘所有共享文件，并可以下载
3.创新点：
1）网页版、客户端、手机APP
完成网页版功能
2）大文件处理
4.基本数据库（初步）
文件保存在服务器端某个设定目录中，设定目录与用户关联，文件的基本信息保存数据库（文件名、路径、大小、上次日期、Hashcode、文件类型......）
实体：
用户表（类型分为管理员、用户）：用户名、密码、用户类型
文件表：编号、文件名、保存路径、大小、上传日期、Hashcode、文件类型、【用户ID】、文件状态
用户文件表：
编号、文件ID、用户ID
共享信息表：
编号、文件ID、URL
如何完成？
1. 使用UML（用例图）描述系统功能，每个用例图详细描述。（15-20页）
2.详细设计
数据库设计
实体、实体关联、E-R图
数据库物理设计
数据库架构设计
MVC框架
Model（BLL、DAL）:实体类、DB工具类、Service层（功能：使用接口）
视图原型：
HTML模板
3.代码编程