java本就是开源的，你加密感觉怪怪的。想防止反编译，最简单的方法就是你可以向Jar注入无效代码。比如建一个类，建一个没有意义的方法private class Invalid{ }，然后输出为jar。
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你顶多可以用代码扰乱工具扰乱你的代码，这样反编译的代码就难以阅读。比如可以试试用proguard来扰乱（“加密”）和反扰乱（“解密”）你的代码。
1 关键代码使用jni调用本地代码，用c或者c++编写，因此相对比较难于反编译 2 混淆java代码。混淆是不改变代码逻辑的情况下，增加无用代码，或者重命名，使反编译后的源代码难于看懂。
如果只是为了使用和发布方便，不需要保护java代码，使用这些工具是很好的选择。
很久前做过一个项目，用很复杂的算法加密 class文件，然后在虚拟机载入前调用解密程序。用的是 jvmti。这样可以防止class loader被反编译导致加解密算法泄漏，应该算比较好的一种解决方案了。
从理论上来说，如果有足够的时间，被混淆的代码仍然可能被破解，甚至目前有些人正在研制反混淆的工具。但是从实际情况来看，由于混淆技术的多元化发展，混淆理论的成熟，经过混淆的Java代码还是能够很好地防止反编译。
如果你觉得C能保证安全水平更好，那可以加挂 Java 6 开始支持的 Instrument，它可以支持对 class 文件进行解密。
这个就要用专业的源代码加密软件去加密了。因为源代码涉及到的编译环境会相对复杂的。我目前了解到就是德人合科技的加密防泄密系统。
原则一：不要依赖初始化在Java中，开发者常常依赖构造函数进行对象初始化。不过这其实是一种常见误区。我们完全可以在无需调用构造函数的情况下，通过多种方式实现对象分配。
避免最终应用程序中的死代码(注释内的代码)。如果闯入者去掉了对这样的代码的注释，那么代码可能会影响系统的功能性。
首先要明确以下两点：不影响被防范的成员（比如新程序员）工作。让其能正常运行、调试、查看日志等。对核心代码封死，需要保护的部分不可见。
无法防止。.class文件的标准是公开的，无法防止别人反编译你的代码。你顶多可以用代码扰乱工具扰乱你的代码，这样反编译的代码就难以阅读。比如可以试试用proguard来扰乱（“加密”）和反扰乱（“解密”）你的代码。
单从学术角度来说，论文写的代码不会是查重，里面包含了字母和公式的代码。有些论文查重系统写论文就认不出来了，当然也有学校要求查重。那么当我们知道论文代码时，是否会查重，还是要结合实际情况来进行判断。
单从学历上看，本科毕业论文里面写到的姿野代码一般是不会被查重的，其中包含字母和公式的代码，写论文时有些论文查重系统是没有办法识别出雀森来的，当然也有要求查重的学校。
答：代码都是会查重的、除非你的代码以图片的形式放在论文中。至于你说paperpass重复率20%知网是否能通过，这个是不确定的，因为每个检测系统的数据库不一样，检测结果会有差异，所以定稿后的论文最好是用知网进行查重。
会查重的。各个学校不一样，全文重复率在30%一下(而有的学校，本科是20%)。每章重复率应该没有要求，这个每个学校会出细则的，并且学校也出给出他们查重复率的地方--基本都是中国知网。