1、使用java代码通过ssh登陆linux并执行命令，正常情况下sshd服务都会有，知道用户密码就可以使用这种方式了。
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2、要在远程linux服务器上执行命令，可以在linux服务器上启动一个服务做执行脚本的代理，不断接受来自你这个项目发来的脚本信息，然后执行，再把结果返回给你项目中去。
第一种：以消息队列的方式发送这些脚本信息，linux代理不断接受，并返回结果。项目同时要不断接受结果。
第二种：项目中产生的脚本，直接记录到数据库，linux上的代理访问这个数据库，获取脚本信息，并将执行结果写入数据库。项目中轮询执行结果。
上面我说的消息队列可以采用activemq，或者rabbitmq这些。
命令执行，java中直接Runtime.getRuntime().exec(command);就行了。
java通过winrm4j远程连接win执行命令
在Linux /UNIX/WINDOWS系统中，一般通过远程连接的方式在远端执行脚本命令或者其他，是通过SSH或者Telnet。笔者之前写过几遍运用JAVA使用SSH或者TELNET连接操作系统执行命令的博客。但这些协议之间存在的差别的。
在LINUX、UNIX系统中一般通过SSH协议来登录、执行命令；
而在Windows操作系统中，由于没有自带SSH协议，一般通过Telnet协议去登录、执行命令；但是Telnet服务默认是不开启的。所以在大规模环境中，操作比较麻烦。另外Telnet协议存在安全问题。
如果不需要执行命令，而是通过远程桌面的形式来操作windows，可以使用RDP协议，java有一个开源的项目properJavaRDP,可以在web页面或者GUI形式提供实现方案。
你可以使用JSch
JSch全称是“Java Secure Channel”
是SSH2的一个纯Java实现。它允许你连接到一个sshd 服务器，使用端口转发，X11转发，文件传输等等。同时也是支持执行命令；
以下是大概运行的代码，只是提供大致思路，可以去查官方API和demo
import com.jcraft.jsch.ChannelExec;
import com.jcraft.jsch.ChannelSftp;
import com.jcraft.jsch.ChannelS;
import com.jcraft.jsch.JSch;
import com.jcraft.jsch.JSchException;
import com.jcraft.jsch.Session;
import com.jcraft.jsch.SftpATTRS;
import com.jcraft.jsch.SftpException;
.......
try{
Session session = new JSch().getSession(user, ip, port);
session.setPassword(pwd);
session.setConfig("StrictHostKeyChecking", "no");
session.setConfig("userauth.gssapi-with-mic", "no");
session.connect();
ChannelExec exec = (ChannelExec) session.openChannel("exec");
exec.setCommand("ifconfig");//这里是你要执行的命令，部分命令不支持，具体自己执行下
ByteArrayOutputStream bao = new ByteArrayOutputStream();
exec.setOutputStream(bao);
ByteArrayOutputStream baerr = new ByteArrayOutputStream();
exec.setErrStream(baerr);
exec.connect();
while (!exec.isEOF())
;
String errmsg = new String(baerr.toByteArray(), "utf-8");
if (StringUtils.notNull(errmsg)) {
throw new RuntimeException(errmsg);
} else {
System.out.println(new String(bao.toByteArray(), "utf-8"));
}
}catch(Exception e){
e.printStackTrace();
}finally{
//关闭session等操作
}