java开发里最多的还是BS结构，java当然也可以做Gis的开发，我们公司就做了很多Gis的系统，就是用Java做的。现在又挺多开源的、收费的Gis框架。
站在用户的角度思考问题，与客户深入沟通，找到玉泉网站设计与玉泉网站推广的解决方案，凭借多年的经验，让设计与互联网技术结合，创造个性化、用户体验好的作品，建站类型包括：网站设计制作、网站设计、企业官网、英文网站、手机端网站、网站推广、空间域名、网页空间、企业邮箱。业务覆盖玉泉地区。
一般情况下做CS结构的系统很少会用到Java的，Java做的比较多的是大型的网站系统、信息管理系统等等。Java的优势就是夸平台、速度快。
你想像Google地图、某城市的旅游地图、交通地图啊等等的，这些系统的客户会出现在不同的位置、使用不同的机器、系统，不可能让客户使用前去安装一个客户端，那样是笨拙的、不方便的，所以这些系统就会做成BS机构的，这时候用Java做就有优势了。
你说方不方便也是要看你做把地图做成什么程度了，像简单的拖拽、缩放、测量、定位、框选这些都很容易的，你要搞了复杂一些的话就要下些功夫去研究那些框架了。这方面深层的帮助文档好像不多，毕竟这方面的应用不是那么普及。
希望对您有帮助！
先声明一下，我也没做过GIS开发，但大概知道思路。有两条路可走
一、使用esri系列
如果做C/S，使用ArcGIS Engine的插件与java的桌面集成，
如果做B/S，使用ArcGIS Server发布服务，用web service调用。
另外，地图的统计计算之类，如你说的，需要利用ArcGIS Desktop打包GP服务，然后用java调用。
二、使用开源系列
再有一些开源GIS开发工具，比如QGIS制图，GeoServer发布地图，postGIS地理信息数据库，Openlayers做地图接口
大概就是这样。
1、软件工程师这样的职位在很多人看来可望不可及，其实要成为某个领域的工程师并非要经历九九八十一难，在一览测绘英才网上看到不少的企业招聘GIS软件工程师时只要求有一年以上的工作经验就可应聘，如果求职者再能够熟练使用VB、JAVA或.Net语言以及ORACLE(SQLServer)数据库进行编程，同时有AO、ArcEngine、ARCSDE、ArcIMS或ArcGISServer开发经验的，很容易就能应聘上。
2、熟练使用VB、JAVA或.Net语言以及ORACLE(SQLServer)数据库进行编程这一点在大学时基础学得好，再加上毕业后出来经历一年的磨练，相信对这几种语言的熟练度会更深，有AO、ArcEngine、ARCSDE、ArcIMS或ArcGISServer开发经验的能在毕业后的一年时间里接触其中一项并熟练也不难做到。
3、从观以上的分析，要能为毕业一年后能信心满满的争取一个gis软件工程师的机会，就要求应届生第一次投简历时就要多一份思考了，目前测绘英才网在gis类技术人才求职招聘这方面的专业性名列前茅。
GIS
是
地理信息系统
，一般来讲是一套集数据显示、存储、分析等操作的
计算机程序
，当然GIS是基于并随着计算机技术发展而发展的。现在的GIS主要是分单机GIS，网络GIS和
移动GIS
。
Java是计算机编程技术，是用来构建应用程序或网站，分为JavaSE（标准版），JavaEE（企业版）和JavaME（移动版）。
你要说他们之间的关系，就目前现在应用而言，我觉得：其一，网络GIS可以用JavaEE技术来进行搭建。比如开发网站来加载显示地图数据，分析等等，像Google
Map。其二，基于Android进行Mobile
GIS的开发，因为Android开发是基于Java语言的，所以Java的优势就在于与Android的结合。比如
高德地图