Java数据加密：我们一般用校验性加密，常用的是MD5，优点是速度快，数据占用空间小。缺点是不可逆，所以我们一般用来校验数据有没有被改动等。需要可逆，可以选用base64，Unicode，缺点是没有密钥，安全性不高。
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可以使用Virbox Protector Standalone 加壳工具对java的class类进行加密，支持各种开发语言的程序加密。
Java有相关的实现类：具体原理如下对于任意长度的明文，AES首先对其进行分组，每组的长度为128位。分组之后将分别对每个128位的明文分组进行加密。对于每个128位长度的明文分组的加密过程如下：(1)将128位AES明文分组放入状态矩阵中。
这个一般没有统一的标准，教材有不同的版本一样。我做过这个，记得很清楚 加密方式1：Conye加密方法 加密方式2：WeiffbYfds方法 就是这样了，不懂追问哈，嘻嘻。
1、封闭式开发、禁止上互联网 使用加密软件 使用加水印功能 使用云桌面技术 实施网络隔离 ……当然，每个公司会根据自身的实际情况来选择一种适合的方法，前提是不影响员工工作效率，不能让员工产生抵触情绪。
2、如果只是为了使用和发布方便，不需要保护java代码，使用这些工具是很好的选择。
3、软件性的源代码加密是指通过软件对源码进行保护的工作。
4、这点因为Java是开源的，想达到完全加密，基本是不可能的，因为在反编译的时候，虽然反编译回来的时候可能不是您原来的代码，但是意思是接近的，所以是不行的。
加密？对文件内容加密？这一般需要设计自己的加密算法和密子。
图1隔离Java程序示意图 对Class文件进行加密 为了防止Class文件被直接反编译，许多开发人员将一些要害的Class文件进行加密，例如对注册码、序列号治理相关的类等。
* F， G， H ，I 是4个基本的keyBean函数，在原始的keyBean的C实现中，由于它们是 * 简单的位运算，可能出于效率的考虑把它们实现成了宏，在java中，我们把它们 实现成了private方法，名字保持了原来C中的。
如果可以随便儿用什么加密方式的话，直接用DES加密就可以。如果非要自己设计一个加密算法，你可以随便指定一个规则，是加减乘除，移位啊取余啊都随便你，最后能按原路算回来就行。
一般来说就是JAVA提供一个可以给C#使用的接口，比如：webservice，或者HTTP接口啥的 ，记得之前远标java讲过这个问题，我先找下资料。